按照正常汽车制造厂的规定来讲，不按照正常的时间或者公里数进行保养，是可以拒绝三包的，而且，对发动机也有一定的影响，因为机油有一定的保质期，机油加入发动机后保质期一般为六个月，六个月之后很容易发生氧化反应，降低润滑效果，既然更换了机油，就一定要更换机滤，至于空滤就可以根据当地的气候环境来决定，鉴于提问者使用车辆行驶公里数较少，可以选择吹一吹之后进行重复使用，针对于空滤不影响三包。
如果到保养周期就建议按照周期正常保养，已跑了3000公里估计对发动机有一点损害，但问题应该不大。尽快到4S店续保和做一次发动机维护检测就应该可以了。
