独立日2：卷土重来。
天空中的宁静被一道异常的光芒打破，一条巨大的虫洞出现在天际。随即一艘庞大的球形飞船从虫洞中现身，引得地球上的人们瞠目结舌。老头眼睛瞪大，因为他意识到这艘飞船和他早前的图纸一模一样。他急忙通知各国*商讨对策，而此时连男主角都吓得下巴差点落地。
各国领导齐聚一堂，经过紧急磋商一致决定采取强硬手段将这个神秘的球形飞船打下来。连续两次加农炮的轰炸终于使大球被打飞，远走高飞的场景让地球上的人们欢呼雀跃，领导们也兴奋地鼓起了掌。
然而老头认为必须亲自确认大球的残骸，于是他组建了一支由精英科学家和军事人员组成的小分队驾驶飞船飞往月球。在月球上他们终于看到了那个被击落的巨大球形飞船。就在研究大球的同时一艘超级大的外星飞船突然直冲地球而来。小分队的人们吓得魂不附体，赶紧驾驶飞船逃离地球，紧急开启防御模式。
各种武器被激活，但外星飞船却一瞬间摧毁了所有的防御武器，从而顺利侵入地球。恐慌蔓延，高楼、汽车、海水被外星飞船瞬间吸引上天空，构成了一场前所未有的灾难。老头眼前的场景让他目瞪口呆，而男主角则在飞船中奋力驾驶逃脱，亲眼目睹地球的陷落。
与此同时老头的爸爸正在海上悠闲地做着饭，却被远处外星飞船的出现吓得目瞪口呆。他赶紧开船逃跑，不幸地撞上了侧翻的邮轮。一幕幕灾难让人们感叹外星入侵的可怕程度。
为了了解外星人的目的，老总统决定亲自审问外星人，却在过程中不慎被外星人的触角缠住脖子。在外星人与人类的交流中，女人拿出的图案竟然让外星人暴躁不安。眼看总统岌岌可危，各种武器被拿出来对外星人展开了攻击，却因为触角的防护而无济于事，最终被外星人抓走。
黑哥紧急出手，双刀一挥将外星人斩成两截。但从尸体中爬出的小外星人让人措手不及，黑哥冷静地一刀结束了小外星人的生命。男主角松了口气，老头来到指挥室发现外星人打算钻到地核，唯一的解决办法就是干掉母船上的女王。于是，一场地球与外星人的大战拉开帷幕。无数飞船起飞，来到巨大的外星飞船前面，准备发动进攻。然而外星飞船毫不示弱，一阵激光发射使人类飞船损失惨重。
在绝望的情况下，男主角决定带领小伙伴们进入外星飞船内部，试图寻找摧毁女王的方法。小心翼翼地进入飞船核心区域，他们以为可以得手的时候，外星飞船发出一阵超声波，使所有人类飞船失去了控制，飞船开始坠落。总统下令引爆核弹，却被外星立场控制，导致爆炸无法实施。
外星飞船发射的光波，使地球上所有卫星系统失联，总统所在的指挥部瞬间遭到摧毁。欧肯博士用激光打开了之前的飞船，从中滚出一个圆球。这个圆球突然被欧肯博士激活，原来他拦截了外星人的求救信息，发现外星人是来歼灭地球的。圆球是外星人的幸存者，他的星球也被吸走了地核，他是唯一的幸存者，拥有强大的力量。
女王为了消灭她，欧肯博士和老头计划用圆球的信号，吸引女王，同时部署兵力进行应对。与此同时，男主角还在外星飞船的内部，与没有被摧毁的小伙伴们汇合，决定去挑衅外星人，吸引他们的注意力，让小伙伴们可以抢夺外星人的飞船。
成功抢夺飞船后，他们试图驾驶飞船逃出，却在船口即将关闭时，险些被关在飞船内部，最终他们成功逃脱。外星女王带领军团飞至被引导的地点，地球上的各种武器，开始对外星军团展开了猛烈的攻击。然而地球的武器对外星飞船毫无作用，老总统驾驶伪装信号的飞船，飞进了外星飞船内部，地球启动了防护罩。
在最后一刻，老总统引爆了飞船上的核弹，外星飞船被炸得支离破碎，外星女王似乎并没有被炸死。在混乱的战场上，外星女王对老头展开了穷追不舍的追击，地球的战机为老头进行掩护，但对外星女王造成的伤害微乎其微。
最后一刻，女主决定冒险摧毁外星女王的防护罩，然而飞船也在这一刻，被外星女王的攻击击中，女主紧急跳伞逃生。同时，男主角率领小伙伴们前来营救女主。外星人入侵了51区，黑哥帅气的出现解救了局势，*了两个外星人。
外星女王率领大军朝着51区前进，男主角和小伙伴们的外星飞船，被外星女王控制。一番激烈的操作后，他们终于发现攻击女王的触须是致命的武器。几人合力将外星女王打败，最终失去女王的外星飞船离开了地球，地球再次迎来了胜利。但这场与外星人的战争给地球留下了沉痛的记忆。
