飘荡在太空中的雷普莉终于被人类飞船发现，可她的身体却发生了诡异的变化。原来异形的噩梦一直困扰着她，她尝试让工作人员寻找她唯一的女儿，可得到的结果却是女儿已经去世3年了。工作人员解释到现在已是在半个世纪以后，她在太空中冷冻了整整57年。
雷普莉陷入深深的自责中，她曾答应女儿会陪她过11岁生日，可她没有完成对女儿的承诺。很快维兰德公司找上了她，调取了以往同事的资料，认为雷普莉在LV426号星球上执行任务期间患上了严重的妄想症，在发病期启动了价值千亿货船的自毁程序，从而害死了所有船员。
同时通过雷普莉的供述，并没有在太空梭上检测到关于异形的任何有效证据。况且他们在50年前就已经在改造了LV426号星球上的大气环境，并建立了采矿工厂，还生活的大批人类也没有发现雷普莉口中所谓的异形。所有证据都推翻了雷普莉的供述，最终她被吊销了飞船驾照并强行安排接受半年的心理恢复治疗。
雷普莉对这些都不在意，但她深知异形的可怕，强烈要求接回采矿工人，然而却没有人听从她的劝告。可这天在LV426号星球上执行探索任务的一家人，在一片未知区域却有了重大发现，一艘外星飞船赫然出现在了眼前。在好奇心的驱使下夫妻二人决定进入飞船，这也许就是他们改变命运的开始。
但不出意外的意外发生了，在女儿焦急与不安的等待中突然车门被打开，女人发疯般的冲了进来向基地求救。等女儿朝母亲身后望去发现父亲正躺在地上，脸上赫然吸附着一只不明生物。接到报警的维兰德公司这才重视了起来，赶紧组织作战部队准备前往LV426号星球，并且以恢复驾照为条件点名要雷普莉一同前往。
但雷普莉却提出了一个条件，在得到小帅的承诺后，他们踏上了前往LV426号星球的飞船。就在无聊的飞行路途中，特战队玩起了大冒险游戏，可在一旁的主教大人却要给他们表演个绝活。只见他把手掌平放在桌面上，正要开始却有捣蛋的队员直接拉起了队友的手掌，用同伴的手掌代替了主教的位置。主教为了让队友放心，他还是将自己的手掌也按在了上面。这可把特战队员们给看呆了，主教却说这只是小意思。
随后他来到了另一张桌子前，却被偶遇的雷普莉看见从他手指处流出的白色粘液。这顿时让他明白主教原来是个生化人，瞬间让他情绪失控，就是因为当年生化人的存在，才害死了他5个活生生的队友。
小帅急忙上前解围，每一艘飞船配一个生化人是公司的规定，在非必要时刻可以代替活人去执行一些不可能的任务。并且主教也一直承诺，他是新时代的生化人，绝对不会对人类做出任何伤天害理的事情。但雷普利却时刻提醒着自己，他是绝对不会轻易相信生化人的。
很快飞船来到了LV426号星球基地，可奇怪的是基地异常安静，并不像有人类生存的迹象。特战队兵分两路相互掩护来到了大门前，成功破解了识别系统走了进去。可房间内居然连个鬼都没有。看着千疮百孔的墙壁，特战队当场意识到这里曾发生过战斗，立马拿出移动探测器进行探查。
可就在经过一座钢门时，探测器上发出了警告声特战队立马严阵以待。可破门而入后却发现是几只实验小仓鼠，这让大伙虚惊一场，可另一边却有了惊人的发现。
