元日战争最后的结果是元朝失败了，因为在第二次战争中，元朝经历了一场维持了两天的台风，这场台风也就是著名的“神风”，它袭击了元军舰队并且摧毁了大部分的船只，所以元军受到了重创，之后导致了元军失败。
忽必烈在1286年试图还想要再次侵入日本，但因为在南方发动的对越南陈朝的进攻受到了严重挫折造成了国力的匮乏而因此作罢没有在引发战争。在日本方面，为了对付元军入侵所进行的全国范围内的改编使得他们的经济和军事都处在重压之下，并且整个国家的资源使用都达到了极限。元军的入侵也使日本幕府找到了继续统治国家的借口，而不是将权力交给天皇。之后他们在更多的时间来继续加强九州的防务。由于战后受货币经济影响，幕府无法进行恩赏抗元官兵，因此加剧了国内矛盾。直到1333年，镰仓幕府灭亡。虽然这两次最后失败了，但是在雄伟的历史上仍然起到了很重的作用，这两次战争也是日历史上最最有名的事件之一。由于在阻止蒙古帝国和元朝的扩张上发挥了重要的作用，使得它们在世界史上扮演了重要的作用。
