我认为司马懿更厉害一些。
首先，诸葛亮与司马懿都有经天纬地之材，军事才能都很高，诸葛亮六出祁山，打的曹魏一度只能采取守势，但诸葛亮六出祁山并没有改变魏强蜀弱的局势。连年征战耗尽了蜀国的国力，能征善战之将也很缺乏，诸葛亮本人也心力憔悴，病逝于五丈原。而魏国在与蜀国的战争中实力并未损失，反而采取屯田政策积累了大量粮草，为后期灭蜀打下了良好基础。
其次，司马懿本人的政治手腕高，诈病赚曹爽，夺取了魏国的实权，从而可以充分贯彻自己的政治理念。诸葛亮虽然也是丞相，但对朝中的掌控显然不够强势，后期更是出现了黄皓专权的现象，影响了伐魏大业。
综上所述，个人认为，司马懿的谋略及政治手腕要高于诸葛亮。
综合比较，司马懿更厉害！
1. 性格方面，司马懿狡猾、城府深，在战乱年代，生存能力更强，威力也更大。
2. 权谋方面，司马懿年轻的时候，能躲过曹操的猜忌，绝对是牛叉坏了。当时传言，司马懿能狼顾，而且曹操都亲自验证过了，曹操梦到三马同食槽，意识到司马家是个祸害，但是司马懿韬光养晦，还是被糊弄过去了。
3. 在曹丕时代，司马懿风生水起，不会比刘禅时代的诸葛亮混的差。
4.曹丕死后，曹睿继位，等曹睿一死，曹爽掌权，司马懿通过高平陵之变，成功夺权，几乎把曹氏子孙玩弄于鼓掌之间，这气魄，这本事，诸葛亮怕是做不到啊。
5.当然了，诸葛亮是天下臣子的典范、楷模，但是轮生存能力，战斗能力，绝对是司马懿更胜一筹，单单生命力也比诸葛亮强大啊，司马懿活了72岁，太高寿了！
