跟随阿奴来到大理城，人们都称呼阿奴为小公主。这时，逍遥才知道阿奴是白苗族族长之女。白苗族正在商议是否要使用五毒兽来对抗黑苗族的入侵。唐玉担心，如果五毒兽反过来攻击自己人怎么办？盖罗娇信誓旦旦地接下了培养五毒兽的任务。阿奴提出想去麒麟洞，但白苗族长以她年龄太小为由，让她好好待在城里，不要乱跑。
阿奴灵机一动，带着逍遥来到火麒麟洞前，轻松地避开了守卫，进入了洞中。两人吵醒了正在熟睡的火麒麟。打败火麒麟后，火麒麟幻化出人形，得知灵儿是女娲后人，便将自己头上的角折下来，与火灵珠一起送给了逍遥。并告诉他离开大理之前，一定要去女娲神殿一趟。
逍遥和阿奴来到了女娲神殿，参拜神像中的女子，神似灵儿。灵儿的母亲在神像中询问逍遥是否真心爱灵儿。原来，她就是灵儿的亲生母亲。逍遥回答她的话。
巫后娘娘施展法术，将逍遥传回十年前，并告诉他需要去做一件该做之事。当逍遥醒来时，已经身在十年前，一群黑苗族人将一妇人和婴儿围住，自称拜月教徒，要将他们斩*。逍遥赶到，打败了黑苗族人，救下了他们。
逍遥询问这里是哪里，妇人告诉他这里是南诏城，并让他多加小心。随即，她乘上凤凰离开了。逍遥乔装打扮，跟随黑苗族人混入被水淹没的南诏城。南诏城的人们深受拜月教的影响，认为是白苗族的巫后使用咒术淹没了城市。逍遥来到了南诏王宫，看到拜月正在动员士兵诛*妖邪巫后，并决定包围王宫，逼迫巫王处决巫后。
逍遥偷偷溜进监狱，见到了巫后娘娘。巫后告诉他，巫王为了禁止她使用法术，将法杖放在地下宫殿之中。希望逍遥前去取回法杖。巫后让逍遥告诉石长老，他是青儿，来取一朵莲花。
正在准备离开时，巫王和拜月教主出现了。巫王听信了拜月的谗言，让手下对巫后和逍遥动手。巫后只能幻化成女娲形态，带着逍遥跳入水中。拜月紧追不舍，并在水中释放出了自己培养的水魔兽，追击二人。巫后这才明白，原来一切都是拜月教主引起的，目的是除掉自己。水魔兽无论被打倒多少次，都会重新复活。
面对这样的死局，巫后使用法术将逍遥送回岸上，告诉他以后如果能遇到灵儿，一定要好好照顾她，然后转身与水魔兽同归于尽。回到岸上的逍遥被一只凤凰带回了山神庙。庙里只有年幼的灵儿和姥姥，年幼的灵儿护在受伤的姥姥身前。
逍遥向她们说明自己并不是坏人。姥姥请求逍遥带着她的手帕去到港口，与水月宫宫主接头。灵儿二人顺利登上前往仙灵岛的船只，回到山神庙。逍遥在后山看到了年幼的自己，而自己当时手上把玩的弹珠竟然就是水、灵、珠。
逍遥提出用木剑和小孩进行了交换。在逍遥消失的这段时间，阿奴每天都在女娲像前祈祷，希望逍遥可以平安归来。今天女娲娘娘终于显灵，阿奴见到回来的逍遥二人喜极相拥，小凤凰此时也已孵出。三人回到圣姑的草地，将药材交给圣姑。数月之后灵儿成功分娩一女，逍遥高兴地抱起孩子。逍遥让灵儿给孩子起个名字。
灵儿想到牺牲的月如，决定将孩子取名为忆如。希望月如在天之灵可以继续庇佑这个孩子平安长大。圣姑因为最近风湿又犯了，便希望逍遥去试炼窟中为他收集三十六只傀儡虫。几天后灵儿已经可以走动，将忆如交给圣姑后，灵儿打算去女娲神殿前参拜一下自己的母亲。
三人来到大理城。此时，城内黑白二族的人激烈地交战在一起，白苗族不敌，只能暂时退居女娲神殿。三人来到女娲神殿。灵儿见到了母亲最后一面并继承了女娲一族的使命与传承，换上了母亲的衣裳，继承了母亲的法术和法杖。现在是该去解决黑白苗族之间的纷争了。
灵儿决定借助武灵珠的力量终结旱灾，将五颗灵珠放入祭坛之后，灵儿以女娲圣灵之名请求上天赐予这片土地新的生命。只见天空下起了雨，两族纷纷放下了手中的武器，接受这一神迹的发生，因为水源问题的解决两族失去了纷争的理由。白苗族人正高兴地载歌载舞，然后一只地魔兽的出现打破了宁静。在打倒地魔兽后，逍遥三人决定前去寻找这一切的元凶拜月教主。
众人来到黑苗族的王宫王座上的巫王请求得到灵儿的原谅，但是拜月教主突然出现，并命令殿前武士拿下逍遥一行。打败武士之后，三人正准备拿下拜月，但身后的巫王却偷袭了灵儿。原来巫王早就被拜月*害。而现在的巫王是一头魔兽，乔装打扮。
愤怒的逍遥击*了魔兽，带着阿奴赶到拜月面前。没有了女娲后人，隐忍了十年的拜月，终于可以用自己培养的魔神兽控制整个王国。这天下已经没有任何力量可以阻碍他了。关键时刻，灵儿赶到，三人合力打败了拜月，拜月跳入水中，将自己作为祭品与魔神兽进行了融合。巨大的妖魔召唤滔天的洪水淹没了整片大地。面对妖魔的巨大威胁，灵儿毫不犹豫地献出了自己毕生的修为，与拜月同归于尽，以拯救天下苍生和女娲一族的使命。在夕阳的映照下，逍遥安慰着阿奴，并向她告别。尽管她有意，但逍遥心中已经装不下第三个人。这段不可能的感情，只能永远藏在阿奴的心底。阿奴终身未嫁，一直守护着逍遥。回到蜀山的路上，逍遥远远看到了那个熟悉的身影，她撑着小伞，怀里抱着忆如。这一幕，成为了仙剑一代故事的终结。我是大壮，我们下期再见。
