剧场动画《机动战士高达SEED FREEDOM》在热映的同时，还公布了剧中战舰的设定。剧中各方战舰延续了TV版的设定，但随着技术的进步也进行了一定的改装。
罗盘组织
大天使级强袭特装舰 大天使号
剧场版中隶属于奥布，是罗盘组织的主力战舰，主要在地球执行任务。其武装基本上未进行升级改造。
超级密涅瓦级MS两栖攻击舰 千禧年号
扎夫特提供的罗盘组织主要战舰。该舰继承了密涅瓦的设计，主要在宇宙执行任务。此外其继承了密涅瓦号的武装，并装备了诱导炮塔和舰首的撞角等新式武装。
凡恩戴森
华纳海姆级行星间宇航战舰 古尔薇格号
该舰是凡恩戴森的旗舰，由女王奥拉和宰相奥尔菲等人搭乘。其船体中央有独特的12连射阳电子炮，电磁轨道弹射器由两侧向前延伸。
巴德尔级行星间宇航战舰
凡恩戴森舰队的主力战舰，MS格纳库与武器库和中心船体分离，可以减少人员伤亡。该舰中央装备有三门阳电子炮。
奥布
出云级MS搭载舰 草雉号
奥布联合酋长国研制的太空舰，由曙光社制造。该舰设计采用了很多大天使号的数据，武装也有很多共同之处。现任舰长由天城担任并参加战斗。
扎夫特
纳斯卡级高速战斗舰
扎夫特装备的高速战斗舰。除了装备2门单装光束炮作为主炮外，还配备了大量导弹和防空武器系统。凡恩戴森的舰队也装备了同型的战舰。
劳拉西亚级MS搭载舰
该级舰是扎夫特的主力战舰和MS运输舰。舰体后部替换为导弹发射器，提升了火力。战后该型战舰出口到了凡恩戴森。
永恒号
该舰原是三舰联盟的一员，战后回归扎夫特军，进行了武器的升级。并且搭载了迅雷决斗和闪电暴风高达。
地球联合
德雷克级护卫舰
德雷克级是地球联合军装备最多的一级战舰。其装备了多门电磁轨道炮和防空武器，能够执行多种任务。
纳尔逊级太空战舰
纳尔逊级是一级火力输出舰，装备了各种各样的武器，包括光束炮、防空炮和导弹发射器等。除了舰艏的飞弹发射管外，全舰还布置了大量的防空火炮。该舰具有了搭载MS的能力，并且战后进行了武器与电子设备的升级。
阿伽门农级太空战舰
地球联合军的大型太空战舰，经常被作为旗舰使用。其主炮是大天使号主炮的小型化版本，另外防空武器也进行了强化。
