通过任意难度后，挑战模式出现。进入挑战模式，通过4个课题就会解开一个隐藏要素。第一个是FC初代，第二次是FC2代，第三次是可选用角色使用机器人，第四次是访谈，第五次是漫画。以后未知。总共40个挑战课题。 在任意难度中，持有某种武器的情况下，输入上上下下左右左右BA即可将火力提升至最高，但是再次输入就会死亡。每关卡中使用一次。
魂斗罗4挑战模式小篇任务的系列关卡36后隐藏总结
4关后出现1代
8关后出现2代
12关后可使用PROBOTECTOR（机械战警？）
16关后出现不明男子，应该是制作人的访谈
20关后可使用LUCIA
24关后出现3代的漫画
28关后可使用SHEENA
32关后出现4代漫画
36关后JIMBO&SULLY可使用
选择隐藏人物时按上下可以改变颜色
JIMBO↑↑可以变黑人，SULLY↑↑可以变藕荷色衣服，LUCIA↑↑变红装，↓↓变绿装，SHEENA↑↑变红装，↓↓藕荷色，PROBOT↑↑变蓝，↓↓变金黄
