在《艾克斯奥特曼》中有着20几只怪兽出现，但是能算得上最强的只有四只怪兽，这4只怪兽都有着很强的实力，有一只毁灭了好几个星球。
NO.1格利扎
格利扎是《艾克斯奥特曼》中最强boss，在15年前格利扎就被艾克斯丢到太阳里面过。当时艾克斯为了打败他，将他丢进了太阳，自己也化为了数据。15年后，格利扎再度复活，这时候的格利扎是虚无状态，任何攻击和射线都对他无效，艾克斯被打到只剩一个能亮灯，虚拟哥莫拉也被他打消失。
格利扎在随即吸收了所有怪兽人偶实体进化成为终极形态。不过这个形态反而限制了他，毕竟有实体就会被打中。最终艾克斯复活，用艾克斯头镖插中格利扎的身体，怪兽人偶全都被打了出来，这些怪兽人偶和艾克斯合为一体形成混合铠甲，最终艾克斯用终极扎纳蒂姆光线干掉了他。
NO.2莫尔德
最古老的boss之一，活了数亿年。是宙达、基纳的哥哥，也是古阿帝国的大君主，战斗力仅次于宙达，念能力是三人之中最强的。也算是《艾克斯奥特曼》中的boss，将维克特利打败拖到艾克斯的时空之中。曾经一度和艾克斯、银河、维克特利三人打成平手。
在后面直接吸收了基纳和宙达的力量，变成古阿怨灵，实力强于超越型 艾克斯和银河维克特利，不过不及两人两手，最终被超越型艾克斯和银河维克特利。
NO.1异生兽
《艾克斯奥特曼》中有一集出现过异生兽，这种异生兽远凶残于艾克斯中的一般怪兽，和艾克斯战斗起来都是往死里打。艾克斯一人打不过这只异生兽，最后还是奈克瑟斯出现，将它带到美塔领域，两人联手才将它干掉的。
NO.4加高尔贡
石化魔兽加高尔贡，按照辉的说法，这只怪兽毁灭了好几个星球，自己的母星黄金行星也是被它毁灭的。艾克斯和辉联手对上加高尔贡的时候，艾克斯为了救辉还被石化过，总体来说加高尔贡实力还是挺强的。最后是艾克斯使用贝蒙斯坦铠甲将石化光线反弹了回给加高尔贡，最后是辉用鲁迪安的机炮连续扫射击彻底终结了它。
以上4只就是《艾克斯奥特曼》中最强的怪兽，格利扎吸收了所有的怪兽人偶，加高尔贡破坏过几个星球，异生兽需要艾克斯和奈克瑟斯联手打败，至于莫尔德是银河、维克特利、艾克斯联手才干掉了他。
