东京Re最终章已经更新，由于剧情还剩下很多，所以终章会采取压缩剧情的方式，来保证动漫的顺利完结。在动漫第一集中可以看出，这是动画组倒叙剧情的描写，金木因为暴走的原因，已经成为了敌我不分的黑山羊幼仔，肆虐东京。这种不可名状的恐怖存在，正是来源于克苏鲁神话。
在克苏鲁神话中，人类仅仅是看到这些魔物，就会陷入自我的恐惧之中。黑山羊幼仔是宇宙三柱原神莎布尼古拉斯的子嗣，属于上级仆从种族的存在。孕育万千子嗣的森之黑山羊母神虽然不可能降临，克苏鲁神话的恐惧却降临在了东京。
从高槻泉撰写的《黑山羊之卵》，到金木创建“黑山羊组织”，这都是借鉴了克苏鲁神话的设定。因为克苏鲁神话中的神不同其他神话，他们是真正恐惧的存在。金木在开头变成的怪物，无数的眼睛和触手，符合黑山羊幼仔的特征。
故事回到主线剧情，金木找回记忆，成为喰种中的黑色死神。潜伏在CCG总部，只为和高槻泉演一出戏。人类和喰种无法共存，高槻泉在电视台采访中呼吁人和喰种应该和谐共处，引起粉丝和民众的一致认可。对于CCG把高槻泉抓入大牢，民众的反映异常激烈，打爆了CCG的电话。
此外，金木留在CCG还有一个原因，那就是拯救被CCG关押的雏实。另一方面，CCG总部已经开始了流岛作战，人类和喰种的最后决战要来了。这场大战，白色死神有马贵将也将参与其中。在确定SSS级喰种神代叉荣的位置后，有马带人讨伐。
虽然神代叉荣曾经吊打金木，但是无法战胜白色死神，实力不在一个层面。最终，神代叉荣为了保护自己的女儿神代利世，被有马彻底*死。与此同时，旧多二福去看望被关押的泉姐，并开启自己的嘲讽模式。不过泉姐的回击令旧多陷入疯狂，泉姐表示，每天看到自己的和修爸爸，却不能叫父亲的感觉如何？
旧多听到后怒了，趴在玻璃前一直诅咒泉姐死去。尽管旧多很愤怒，但为了后面的计划，旧多并没有做出过分的事情。接下来，才是正片的开始。人类打响了与喰种的最后一战，所有势力均参与其中。这场混战，代表了各自的种族存亡。对与错不重要，胜利者才能掌握世界的秩序。
