《完美世界》第七集讲述了史上最黑暗的时期——黑暗纪元篇。在边荒之战结束后，石昊准备回到下界潜修，因为他当时还不是至尊，无法与那些背叛者对抗，同时还带着几百个孩子。在回到下界之前，他先去了君临魔葵园，然后又去见了父母和祖父等人。从灵界回到下界的虚神界时，石昊遇到了上界仙殿等人的拦截。他通过破界符成功地突破了仙殿的封锁，并前往下界寻找出路。在寻找下界路的过程中，石昊遭到了风族的袭击。虽然石昊有大长老用至尊精血炼成的破界符，但他最终还是成功地击败了风族。当仙殿的至尊试图对付石昊时，仙院和圣院的至尊为他和至尊提供了帮助。在这个过程中，残仙也出手了。尽管五行山灵想要保护石昊，但他们并不想参与这场战争。为了保护石昊，他们与吴中进行了赌注，并使用了折仙咒。最终，石昊通过那条只有他能通过的路回到了下界。在回到下界后，石昊见到了禁区之主的残念，并得到了他的帮助。他回到了石村，与家人团聚。在那里，他收了一个弟子，叫做赤龙。然后，他去了真龙的巢穴，并得到了真凰宝术。在仙域的门口，有人攻击了石昊，但他在下界为他的朋友报仇，并烤了一群来自下界的强者。在这个过程中，天地开始发生变化，而仙域通知只有无敌种子和部分族人才有资格进入仙域。石昊并不打算去仙域，而是在下界寻找草字剑决。在禁区之主的帮助下，他学会了天功，并以混世魔猿的身份寻找了一条前往上界的路。他遇到了风族，并用栏木箱换来了和平。石昊直接抢了烂木箱，并扛着三世同棺回到了下界。他开始练习免疫黑暗物质的侵蚀，并在数年后达到了遁一境的大圆满。在红尘炼心的过程中，石昊因为执念太深而没有升级，于是他与云曦成为了夫妻。在上界，九天十地已经合并，而未法时代也已经来临。在这个过程中，那些老强者因为寿元不足而坐化了。石昊成为了至尊，并为他的朋友报仇，*死了金太君和金家的人。在无量天盛会上，石昊*了王五和王十，并灭掉了仙殿的至尊。在这个过程中，仙玉开始撤退，而长生世家也开始撤退。石昊想趁机制造混乱，但他曝光了仙域和黑暗生灵之间的交易，使得仙域不允许金凤两族进入。其他残仙勾结禁地真仙对付石昊，但被黑暗大长老灭*了。石昊回到了下界，成为了真夫妻，并选出了八百个孩子作为他的弟子。他开始训练这些孩子，并在西陵界见到了三骨残念。在这个过程中，他与三骨达成了协议，并在至尊战场上疯狂修炼。最终，他在百岁时成为了至尊巅峰，并成为了人道的最强者。石昊知道自己不是最强的，于是他自废武功，重新开始修炼。经过百年的修炼，他创建了道宫四级化龙仙台五秘境，并成为了至尊。他带着八百个弟子去征战上界，灭掉了仙殿、天国、妖龙道门、冥土等势力，并在灭掉长生世家时灭掉了五个至尊，并*死了一个残仙。他还灭掉了四个黑暗至尊，统一了上界，并建立了教廷，而在各地供奉的石昊神像则被命名为“荒”。修行三百年后，石昊前往堤坝世界采集生灵大药。此后，他开始了漫长的修行之旅，走遍各地，寻找突破的方法。
千岁时，众弟子无法突破境界，石昊前往坟界寻找最强的种子，让他们重新开始修行。在坟界，石昊遇到了仙域的人，得知了一个百年后的盛会。于是，他决定在盛会时进入仙域。石昊与仙域的人展开了激烈的战斗，赢得了修炼资源，但从未被击败过。敖干被击败后不服气，约石昊在真仙境时再次交手。石昊告诉他：“在我手中失败的人，从来不会被我视为对手。我会给你时间追赶，直到你遥不可及。”
敖晟仙王出手消灭了石吴，石昊点燃界灭香，逼得其他仙王出面。石昊用在盘王处得到的三滴仙王血，一滴替死，一滴遁走，最后一滴献祭，使石昊以他化自在法穿越回以前的帝落时代。在那里，石昊修行了49万年，逆活八世。回归后，他开始坐镇天庭。1800岁时，他制造了神液，封印了姑人。2500岁时，他遇到了后，随后灭掉了恢复好的残仙和其他几位真仙。他还在天下寻找七彩仙金人、英灵鬼仙等真仙级生灵，坐镇天庭。6000岁时，他斩灭了异域不朽者，获得了仙血大药。7000岁时，他呈红尘，先灭仙域来人，万载时封印了十村和异域大战时见到了红灵儿，于是他开始疯狂地修炼。在几十次的险死中，他终于在一万三千岁时用仙血大药活出了第九世，渡劫后完善了自己的法门，让后人不用以身为种也可以修行。随着等级的提升，他进入了异域，灭掉了半只赤王、抢到了悟道茶树、救了火灵儿，然后斩*了五不朽者，逃出了异域。这时，他知道了蛄族是卧底，安澜等人要入侵，结果被九天十地世界树逼退。
石昊继续在仙域征战，在第六十万年的战斗中，他成功消灭了两名仙王巨头，为仙域赢得了十万年的和平。第七十万年，他找到了黑暗柳神，并在古殿主人手中救出了秦昊。他想变得更加强大，镇压一切，于是他又开始闭关，期间出关换得了真龙宝术，并见到了葬区的起源古器。然后，他制造了大动静，引来了所有的敌人。在众人的帮助下，他成功进入了准仙帝境，以重伤之躯战胜了异域，消灭了所有来犯之敌。
他一直在仙域征战，直到第六十万年的战斗中成功消灭了两名仙王巨头，为仙域赢得了十万年的和平。第七十万年，他找到了黑暗柳神，并在古殿主人手中救出了秦昊。他想变得更加强大，镇压一切，于是他又开始闭关，期间出关换得了真龙宝术，并见到了葬区的起源古器。然后，他制造了大动静，引来了所有的敌人。在众人的帮助下，他成功进入了准仙帝境，以重伤之躯战胜了异域，消灭了所有来犯之敌。这一战，石昊威震天下，无人敢与其争锋。他用敌人的至宝打造出自己的准仙帝兵器，在界海边修行了20万年，成功镇压了接引古殿的两源古器。随后，他宣布对黑暗之地宣战，并在黑暗囚牢中救出了被封印的元神。石昊因此被众生尊称为“荒天帝”。在与三个准仙帝的大战中，石昊的亲人、兄弟秦昊和堂哥石毅等人献出了生命。最终，灭世老人用灭元神之术跨时空攻击，但石昊却在极尽升华后成功镇压了他。在黑暗源头，石昊与黑暗物质展开了激烈的战斗，但却遭到了尸骸仙帝的跨时空攻击。石昊运用他化自在法，化亿万缕血入时间长河，在不同的时空里修炼成仙帝，最终成功镇压了尸骸仙帝，并炼灭了他的元神，使他无法重生。石昊拯救了被困的众生，平息了黑祸，并在八万年后回归，找到了复活众人的方法。他挥剑斩断万古，将所有诡异不详等拦在界海之外，为后世留下了一个完美的世界。
