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这是一个由漫画改编的动画，动画的剧情只有漫画的三分之一，为了更好地理解影片，我们先来看下故事背景。
在未来工业文明发展的同时，人类对生态的破坏日趋严重，巨神兵（一种具有终极破坏力量和高度智能的人造生物）被创造出来，它们是具备完全中立理想的“调停者”和“裁定者”，它们和王虫一样，意识是一个整体，它们因此而超越人类，可以裁定一切，都用一致的判断基准去调停、裁定世界的争端。他们判定人类才是最应该消除的生物，于是发生了「火之七日」的战争，巨神兵们设定只有七日的生命，也就这仅仅七日，达到巅峰的世界产业文明毁于一旦。
一些幸存者虽然得以苟延残喘，但是工业文明遗留下来的症结仍在困扰这个星球，带有强烈毒性的植物组成了令人望而却步的“腐海”森林，随着时间的推移，腐海有条不紊地向四周蔓延，蚕食周边世界。
“风之谷”是一个靠海的小王国，在海风的庇护下，一群御风而行的人居住在腐海森林的旁边，女主角娜乌西卡就是这里的公主，她和族人依靠海风的力量抵御着有毒孢子的侵蚀，过着平静祥和的生活。
直到某一天，战火烧到了这里。西方强国特洛梅意欲重新建立人类霸权，他们计划统一周边诸国，然后向虫族发起总攻。另一方面，载着千年前火之七日战争中，毁灭大地一切的生化武器「巨神兵」之多鲁美奇亚运输机不幸坠毁于风之谷之后，风之谷和娜乌西卡卷入了争夺巨神兵的战争旋涡中。
这天，娜乌西卡带着防毒面具来到腐海收集材料，遇到巨大的王虫壳，她用工具拆下来了一只王虫眼睛，正准备离去，虫粮树开始散发孢子，这些孢子有剧毒，娜乌西卡用王虫眼睛当伞一样挡住孢子，在这里稍作休息。
突然远处传来一声枪响，原来是犹巴老师误以为狐松鼠是小孩被昆虫叼走，情急之下救了它，却惹怒了王虫，一只王虫在追逐犹巴老师。
娜乌西卡用散弹震晕了王虫，又用虫笛让王虫回归平静，引导它返回了腐海，犹巴和娜乌西卡相认，并把孤松鼠送给了娜乌西卡。
娜乌西卡和犹巴回了村子，犹巴和娜乌西卡的父亲是旧时好友，但是娜乌西卡的父亲因为腐海的原因再也不能飞了，两人交谈许久，场面十分温馨。
晚上，一只巨大的战舰坠落在风之谷，虫群攻击着这艘战舰，虫群保护着腐海，一般不会轻易攻击人类，这艘战舰在腐海降落并*了虫，所以引起了虫群的愤怒，群而攻之。
在战舰的残骸中，娜乌西卡遇到了被铁链锁着的培吉特—拉丝黛儿公主，她只留下一句警告：“请把货物全部烧掉，”便离开了人世。
在残骸中，风之谷的居民发现有一只牛虻，它受伤了飞不动，准备召唤伙伴过来，如果*了它将会引来更多的虫群攻击，众人一时无计可施。
娜乌西卡用虫笛帮助牛虻重新回到了腐海，在这里，犹巴看到了娜乌西卡与众不同的胆识和魄力。
王虫在腐海边迎接受伤的牛虻，娜乌西卡与王虫对视着。
犹巴在残骸中发现了巨神兵的胚胎，巨神兵本来在火之七日烧光世界后全变成了化石，但是在培吉特的底下却被挖出来了这样一个危险的存在，巨大的阴谋和灾难在无形中酝酿，充斥着危险的气息。
更多的战舰来到了这个本来安逸平凡的风之谷
娜乌西卡感觉到异样，飞奔到家中，看到一群人手持兵器的士兵，父亲已经躺在地上死了，她愤怒的攻击着这群人，被犹巴劝住。
来者是多鲁美奇亚军，犹巴让娜乌西卡冷静下来，不然他们很可能会把谷里的人*光，娜乌西卡没有办法，风之谷扬起了多鲁美奇亚军的旗帜。
多鲁美奇亚王国边境派遣军首领是库夏娜殿下，美名其曰说来这里是为了整合边境各国，将这里建为一方乐土，他们计划烧光腐海，复苏大地。
奶奶站出来阻止他们，腐海存在千年之久，不断有人想烧光腐海，结果每次都导致王虫群愤怒发狂，国家毁灭成为新的腐海。
库夏娜一意孤行，准备违抗多鲁美奇亚王国的命令在这里建设新的国家，自己去了培吉特，让手下留在这里复活巨神兵，另一方面犹巴嘱咐风之谷居民组织巨神兵的复活，自己则在暗中寻找机会。
犹巴找到躲在自己秘密基地的娜乌西卡，这里是她培育的腐海植物，她发现只要有干净的水和土地，腐海的植物是无毒的，真正受污染的是土地。
娜乌西卡被带去了培吉特，在路上被炮艇攻击。
这是培吉特的炮艇，双方在空中交战。
战舰坠落，娜乌西卡在战舰中找到一个飞艇，与米特、库夏娜一起去救风之谷其他跟随来的几人。
众人降落在腐海，本来准备一同逃出去，库夏娜这时候对着众人开了一枪，引来了王虫，王虫伸出触手，娜乌西卡向王虫敞开心扉。
王虫退去，愤怒的朝着另一边游去，是塔吉特的炮艇少年活着降落在了这里并开枪*了虫，娜乌西卡救了他。
娜乌西卡和阿斯贝鲁，坠入腐海深处，娜乌西卡回忆起自己小时候与王虫幼虫作伴，却遭到人们的训斥和排挤。
她醒来时看到了干净的水源和空气，阿斯贝鲁向她道谢并告诉她这里是腐海深处，娜乌西卡发现腐海的诞生是为了净化受污染的世界，她被眼前的一切感动，高兴的哭了。
巨神兵的阴谋还在继续，先前坠落战舰带来的孢子没有烧完又开始散发毒气，居民们没有办法，只能烧掉这片一直保护风之谷的森林。
阿斯贝鲁和娜乌西卡来到培吉特，这里已经面目疮痍，原来是多鲁美奇亚王国俘虏了培吉特的公主并抢夺了巨神兵，培吉特军队为了歼灭多鲁美奇亚军，夺回巨神兵，准备用王虫的幼虫做诱饵，引王虫群到风之谷。培吉特军队抓了娜乌西卡，阿斯贝鲁想阻拦，却被打晕。
那边风之谷的居民和多鲁美奇亚军已经打成一团，这边培吉特的居民们联合阿斯贝鲁把娜乌西卡救了出来，多鲁美奇亚军与培吉特军在空中交战。
阿斯贝鲁掩护娜乌西卡逃离战场，去救王虫的幼虫。
经过一番交战，运输幼虫的飞艇坠落，王虫的幼虫落在地上，它已经满身是伤，对娜乌西卡充满敌意，它想去王虫群，但是面前的这条河会腐蚀身体，娜乌西卡为了不让幼虫受伤，自己的一只脚被腐蚀，同时幼虫被娜乌西卡感动，停下了暴躁的动作。
风之谷的居民在等待着虫群的审判，库夏娜却带着巨神兵来到战场，准备用巨神兵烧死虫群，只可惜巨神兵因为拿出来的太早还没走两步就消融了。
一批的王虫群倒下，又一批的王虫群冲了上去，这是来自大自然的愤怒。
娜乌西卡带着王虫幼虫来到王虫奔腾的道路上，面对愤怒的王虫群，她面色平静，视死如归，最终被撞死了。
随后王虫群停下了前进的脚步，红色的眼睛渐渐地变为蓝色，娜乌西卡用自己的死平息了王虫的愤怒。无数的王虫用触手举起娜乌西卡，复活了她，她在一片金色的草原上奔跑着。
风之谷的小朋友为奶奶形容眼前的景象，奶奶睁大瞎了的双眼流出泪来，看截图来感受一下奶奶激动的语言，原来传说是真的，娜乌西卡的蓝色衣服是被王虫幼虫的血液染成蓝色的。
最终多鲁美奇亚军和培吉特军都撤退了，影片在一片祥和的结局中结束，这是一部讲述自然与战争的动画，在自然面前，我们什么也不是，但是我们却经常在不断前进的脚步中迷失了自己，失去了对自然的敬畏之心，好在最后人类回归本心，自然与我们和谐相处。
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