一个阳光明媚的早晨，金刚从睡梦中醒来，不用上班的他每天睡到自然醒，大大的打了一个哈欠，看起来昨晚睡眠质量不错。走进小河，伸了一个懒腰，抠了抠发麻的屁股，然后到瀑布下面洗漱一番，又是能量满满的一天。
然而今天的金刚心情不太好，他已经被关在这里3年了。当我们羡慕他的生活如此滋润的同时，他又何尝不向往我们的自由呢？他的生活枯燥且无聊，每天唯一的乐趣就是把大树当标枪，朝着天空投掷，以至于每次天空中都会出现几个窟窿。
但庆幸的是，他有一个好朋友，女孩名叫小丽，她是一名聋哑人，所以她很懂金刚内心的孤独。正如他小莉所说，金刚对于人类囚禁他的行为感到很愤怒。小莉的母亲大漂亮也清楚这一点，作为帝王组织金刚管控区的负责人，他深知这一切，但是没有办法，一旦金刚离开这里，他就会受到伤害。
帝王组织作为一个专门研究巨兽的特殊部门，他们对各种异兽都极为了解。之所以不放金刚出去，那是因为在深海底下，还有着一位巨兽霸主哥斯拉。从远古的一些数据表明，金刚和哥斯拉世代为敌，一山不容二虎，每次都是不死不休。
然而这一天一切都变了，严格管控的金刚竟然出现在了外界，并且被五花大绑在了大货轮之上，他即将被送往他的故乡地心世界。这又是怎么一回事呢？原来就在前一天晚上，沉寂在海底3年之久的哥斯拉突然出现，他的目标很明确，那就是一家名叫阿派克斯的科技公司总部。
上岸后的哥斯拉一改往日的英雄形象，对着阿派克斯总部疯狂输出，而他的目标似乎是眼前的这个能量核心。然而在美国人民心中，不管你之前做了多少次好事，只要你做了一次坏事，那么你就应该被消灭。
迈克作为阿派克斯的老板，看着自己的产业被摧毁，自然不甘心，他找到地心空洞学的专家大伟，同时他对巨兽起源也有很高的见解。通过投影，一个隐藏在地底的地心世界出现在了大伟面前。原来迈克通过卫星发现这个神奇的世界内所散发的能量，这种能量是促使所有巨兽健康生长的物质，跟哥斯拉的竟然一模一样。也就是说只要能够去到那里，就能获取到能够对抗哥斯拉的武器。
这就是麦克来这里的目的，他想邀请大伟参加他的探险队，但是大伟并不想冒险，原来他的哥哥当初就是想进去这个地心世界，但是刚进入就遇到引力反转，直接被压碎领了盒饭。虽然大伟很想替哥哥完成这没有完成的事，但是他心有余而力不足。
当他准备拒绝之时，呈现在他眼前的是麦克公司的最新产品地飞1号，这台飞行器完全是为了应对地心引力而发明的，有了它一切问题都只是小意思。这下大伟彻底兴奋起来了。
于是第二天大伟就找到大漂亮，他想让金刚回家，顺便让它带路。但是大漂亮还是担心金刚出去之后的处境，由于片刻后抬头看了看那被大树刺穿的穹顶，他承认金刚其实很不想待在这里，更何况每天修复穹顶的费用着实不小，他心疼了，最后还是点头答应了下来。这下可把大伟给高兴坏了。
很快第二天，金刚就被绑在了去往故乡的大船上面，然而该来的终究是来了，大船内部疯狂亮起警报灯，船头的金刚越发暴躁不安起来，他试图摘掉身上的所有镣铐，下一刻所有炮火都绕开金刚朝着远处而去，是哥斯拉来啦。然而金刚的镣铐不管它怎么用力都没能解开，最终在哥斯拉的撞击下掉落海水，金刚这下危险了。
