《ATLAS》这款高自由度的生存沙盒游戏为玩家提供了多样化的特色玩法，不过作为一款以海盗为题材的游戏，它最为注重的还是海上玩法的改进和创新。好既然是海盗，那就离不开对海洋的探索，而玩家可不是“海王”，仅依靠个人之力就能够探索整个海洋，而是得依赖船只。为了能够在海面上自由行动，每一个玩家都必须学会建造自己的船只。《ATLAS》中的船只五花八门，在游戏精美的画面呈现之下，每一艘船只，无论大大小小，建模都相当精美，让人大开眼界。
游戏中的大部分船只都是可以由玩家自己亲手打造出来的，经历船只建设的全过程，打造出来一艘专属于自己的船只五，是一件成就感满满的事情。基于游戏丰富的船只建造元素，玩家可以随心所欲地打造出自己喜欢的船只。这些船只不仅仅外观上存在差异，功能也是大相径庭。随着游戏的不断更新和完善，船只的个性化建造玩法也在进步。
开发团队脑洞大开，将建筑玩法和船只的打造融合在了一起，船只上也可以建造一些特殊的建筑物了，比较典型的就是三类建筑塔——诅咒塔的军队，亚特兰蒂斯塔尖和工业发电机。想要打造出这三类建筑塔，必须得依赖铁匠台，还得解锁相应的技能，并投入原材料和黄金。
《ATLAS》的每一艘船只上只能够放置一类建筑塔，所以玩家在建造的过程中可要三思而后行。根据自己船只的使用领域，决定应该放置哪一种建筑塔。诅咒塔的军队提升的是船只15%的攻击力，亚特兰蒂斯塔尖提供15%的速度加成，而工业发电机提升的是15%的防御力。无论是哪一种buff都相当实用，对强化船只实力大有帮助。
