《石头记》是中国封建社会的百科全书，是中国古典文学的巅峰之作。
《石头记》作者是石头，这块石头是遗落在大荒山无稽崖青梗峰下一块顽石，其元神是女娲补天遗留下来的无材可用的一块煮白石。虽非补天之材，却有药地之智。因无可所为，整日悲嚎，这石头被一僧一道发现，幻化成有灵性、五彩斑斓的通灵宝玉。后伴随着紫瑕宫的神瑛侍者，在一个昌明盛世，月明之日降落于一户簪缨世族人家，也就是被贾宝玉含口而生，享受荣华富贵，此户人家就是《石头记》中贾府（朱明之家）。
可惜世道无常，轮回变幻，出现天傾西北、地陷东南的小冰河世纪，明末清初经历易代之变，从此通灵宝玉一度失色，一度遗失，差点被毁。至此石头和贾宝玉一起经历了人生的起起落落，家族的盛衰、国家被外族入侵及一番战争的洗礼。此时通灵宝玉和贾宝玉化为一体，历经风雨冰雪、人间沧桑，人情的冷暖世态炎凉，和聚在大观园里的十二金钗结下不解情缘，如传国玉玺与袭人（包裹玉玺的丝绸）及优伶（装玉玺的紫檀盒）的无夫妻名分有夫妻之实的男女关系。另一位由绛珠仙草幻化而成的林黛玉，因前世与神瑛侍者有浇灌之情，下凡后历练经历一年三百六十日风刀霜剑严相逼的生活，为报答滴水之恩，故以眼泪相报。这眼泪夹带胭脂化作滴滴黛墨沥入石头上，成为一本浸透汉家文化和明清易代，衣冠南渡引起的刀光剑影，血流成河景象，她们化作大观园中芙蓉、海棠、芍药之花，化作梅岭上片片红梅和仙霞关天空中道道烟霞，化作水中朵朵莲花，寒宫中的一盏菱花镜，即明月之花，如麝月相伴。
贾宝玉、通灵宝玉、林黛玉、伴随他们一起下凡的还有灌愁海中的夜叉化作的薛宝钗等一竿子人。
以上这一切石头被刻下的烙印就是篆字石头的汉家文化，文化脉络，沁透着芬芳。在中国古典文学中如蟾宫折桂，文脉沁芳，世代相传。
这石头被今生的经历和岁月时光刻成汉篆，就成了它的今生缘，也就成了《石头记》。
《石头记》中贾宝玉是出家入了僧或道的，也可能隐居于山林精舍的文人墨客，成就一部历史。她的来世可能成为了妙玉的模样，经历风雨冰雪摧残，片体鳞伤斑驳陆离，失去灵性，携带前世的信息回归大荒山，被一位空空道人发现并抄录下来，取名《情僧录》传世。
可惜的时不知经历满清多少次文字狱的摧残，石头历经风雨侵袭而支离破碎，上面文字虽有脂批脂砚斋、畸笏叟、杏斋等后人重新批注及无名氏的传抄，再到乾隆期间的程高二人续写刊印出版。以《石头记》原手抄本五个母本中总名《红楼梦》最为流行，最初作者还是无考，续编人就有了程、高。
到了近代，经过胡适之、俞平伯的“考证”，也就固定了作者是《红楼梦》，可笑的是到他们临终前才承认考证不严谨，有误，也就是此曹雪芹非彼曹雪芹。
唯有被大多数人认可的是《脂砚斋重评石头记》携带着石头的原始基因。脂砚斋的批注才有可能成为揭开石头基因密码的那把钥匙。如今大数据检索、互联互通可能实现对明末清初这块补天石遗落在人间的碎片进行分析演绎推理，可否在不久的将来，石头基因数列可以呈现在国人面前，也就是《石头记》风月宝鉴的背面是怎样的故事，作者是谁，家住何处。
这明清之变时的四大家族无论是朱明家南明，满清顺治，李自成的国号大顺、张献忠的大西政权。还是虚构的贾、王、薛、史家（家亡血泪史）。文本及脂批中的石头应该出自簪缨世族诗礼文化大家，蟾宫折桂之人，其文脉沁芳 。是槛里又是槛外之人，是羲皇上人，是传国玉玺，是智通者，是朱红色中通的四方印章，是南明的墓志铭，篆刻着华夏文明和灿烂文化及明清易代的不可销毁的历史著作。是十七世纪中国古典文学的巅峰之作。是封建社会的历百科全书。是一部儒释道三教思想集大成哲学书。
在明末清初之际，十七世纪百科全书式的人物就有一位，他就是把自己比作陶渊明式的羲皇人，就是方以智。拥有一枚篆刻着青山上人、浮渡愚者智记，、平恕读书人、药地浮庐的朱红色中通四方印章，堪称“传国玉玺”。
根据羲皇人 青山上人=青山羲皇上人。此人应该就是石兄，石头印章和石兄的人生经历就是一部“石头记”。
方以智故居的稽古堂被誉为“两间皆字海，一尽始羲皇”之意，其自称羲皇人却有依据。比如方以智的《和陶饮酒》组诗：“古今不同调，同是羲皇人”。
此人就是被当时崇祯称为忠孝两全之人，被阮大铖称为《留都防乱公揭》的幕后主使，明末清初一字师，文字学家，考证学鼻祖，音韵学家，曹洞宗禅师方以智。是桐城桂林方氏的蟾宫折桂之人（大明进士），出自簪缨世族（当地百姓称谓的）诗礼耕读之家，五代儒家正统思想的继承和传播之家，是四代易理儒释道三教合一思想的传承和发展之家。桂林方氏被后人称之为明清除孔府之外一等诗礼之家。家族闺阁之人名扬天下，如方氏女三节，桐城名媛诗社，明末女诗人兼白描画大士方维仪，1639年济南保卫战殉国守节者女诗人方孟式。丈夫就是抗清英雄张秉文，六尺巷主人张大伯。
方以智被称为旷世奇才，集千古中西文化集大成者。被后人称之为思想家、自然科学家、文学家、新安派画家，书法家，四真之人。一生著作四百多万字，以专著为主，为家族闺阁出版诗文集。其《印章考》、《通雅》、《物理小识》、《东西均》、《药地炮庄》、《冬灰录》、《浮山文集》、《医学会通》，参政文章拟求贤诏》《拟上求治疏》《拟上求读书见人疏》。
这些都是石头能短时间篆刻石头记的基础，然而因为易代满清对汉家文化的扼*，方孝孺和方以智五世祖方法（方孝孺学生）文字狱株连十族之祸的前车之鉴，石头成书后用十年时间增删修改，才是耗尽肝肠血的时候。也就构成了此书难解其背后的秘密缘故。
方以智《合山栾庐诗．寄冒辟疆》：
“一场翻尽关山曲，痛*人间不许传”
1666年，冒辟疆回复方以智云的诗中云：“石能言语终须白，血化精魂叫亦红”，暗示的是这部创作著作。
方以智在石头记开篇中已经用“画烟云模糊”暗示了自己就是真正的作者，和他的另外两部作品《东西均》《易余》用拆字禅语隐喻自己是作者的手法完全一样。
石兄花近二十年心血作《石头记》，石头和石头记，贾宝玉和通灵宝玉，石头和林黛玉，石头和妙玉，皆合而为一了。那是石头的三生三世的情缘。
石头和石头记，贾宝玉、林黛玉合而为一，这就避免石头记作者可以被篡改，也避免了后人把贾宝玉、林黛玉怀疑成明朝帝王君主，或是大明遗民文人，模糊了人们的视线，是石头易理思想的应用，一生二，二生三，三生万物，人和物、阴和阳，日和月，清风雨雪互换思想。辩证科学地看待社会自然界一切事物运行发展的规律。
石头的身世已现，而他的哲学思想也体现在石头作为通灵宝玉与石兄家乡浮山的那块天殊灵石有同妙之处。这是一块撑腰石，位于浮山原大荒山的“天台幻境”“穿云径”《指月路》《大可观》宋明清石刻旁，“一线天”下，上面书写八个大字：“吴观我先生指天处”，此乃暗示救大明百姓的指天处的撑腰石，木立天下，具备方以智外祖父倡导儒释道三教合一思想。无观我自己，方可以观天下，无可即有可，可为也，“好了”即“不了好了之事”方可以治国理政守家。
通灵宝玉有八个大字，“不离不弃，仙寿恒昌”，而传国玉玺的“受命于天，既寿永昌”字数个意思近似。以上三者也算是合而为一。这些也符合方以智的三点哲学观，“∴”的思维模式 为方以智“均的哲学”方法论的思维基础。读懂《石头记》离不开“∴”的思维模式。
《石头记》也算实现了石头的志向：挹东海之泽、洗天下之垢”，虽非补天复明之材，无可为药地良方，成为天地会、洪门、三点会的精神领袖。
大观园的建造是人造和自然相结合的典范，也是桂林方氏美学思想的一次呈现。方以智在《青原山誌》记载，自己作为一字师对“翁”的诠释，明末清初在当时遗民文人心里“翁”就是“明公”，“羽”字为孔雀、凤凰，仙鸟的代名词，而就楚辞楚风而言，《红楼梦》境多发生在南直隶楚地，其大量诗词歌赋诔文灯谜对联尽显香草美人，仙鸟梅花鹿喻美人。羽毛明亮绚丽的色彩预示明朝，而公，明朝遗老。
如此就好解释大观园总设计师是一位老明公，那就是方以智的祖父方大镇了，里人称其为老明公，自称野同翁，手书浮山石刻“野同岩”即易学思想同人于野之意。作一个弃官回乡于山洞的乡野之人，行“荷薪”之业，惠及乡里及子孙后代。大观园里省亲别墅就有方大镇的“廷尉第”、“白鹿山庄”和“在陆山庄”分别位于凤仪里（有凤来仪），今潇洒园（潇湘馆），大小玲珑巨石山（蘅芜苑）和东海之梢有海上小蓬莱之称的浮渡山，方以智儿时读书处就在其中的此藏轩（紫云轩）。可见野同翁和大观园总设计师“山子野”是一个人。如今“红楼梦辞典”也符合方以智为文字学家“一字师”和音韵学家及考证学鼻祖之称。可算是文化集大成者，造词，修辞大家。
方生以智，木立天下。后字之师，方知其义。
