哈哈，这个问题有意思了，《火影忍者》中柱间为何不摆脱秽土转生干掉大蛇丸？实际上原因并不复杂，第一次是因为不能，第二次是因为剧情需要，下面具体说明一下。
秽土转生这个忍术在火影中还是很有意思的，能够利用特殊手段把已经死亡忍者的灵魂强制禁锢在活人载体上以便使用死者生前的能力。
不过由于条件限制 被秽土转生出来的个体并不能完全发挥自己的能力，与受控制程度成反比，这也是秽土转生的使用限制之一：
如果想要发挥秽土转生忍者的实力就必须先降低发动忍术者对于秽土转生个体的控制能力，这么做是有风险的，某些强力忍者一旦摆脱秽土转生的控制就有可能让控制者手段伤害。
而千手柱间第一次被秽土转生的时期大蛇丸还没有被洗白，这个阶段大蛇丸袭击木叶的目的之一就是要干掉三代火影，因此采用了弱化秽土转生个体实力，同时加强自身控制能力的手段→利用特殊符咒制作的苦无。
火影中不存在无敌的忍术技能，秽土转生个体虽然拥有无限查克拉以及常规攻击手段几乎无法摧毁的身体，但是其并不能完全发挥自己死前全部的实力（与秽土转生活人载体的质量有关系），而且为了防止反噬忍术发动者的情况发生，基本上秽土转生的个体实力与受控制程度是成反比的。
大蛇丸在火影前期剧情中对于秽土转生这个忍术掌握的海并不是太好，而且千手柱间和扉间个体实力过于强大，如果不加强控制权，大蛇丸怕在使用过程中出乱子，毕竟二代火影就是秽土转生这个术的开发者。因此利用特殊的符咒加强了对于千手柱间和扉间的控制。
在加强控制手段的同时，大蛇丸也限制了秽土转生状态的初代火影的整体实力，因此第一次被秽土转生出来的初代火影在实力方面和自己巅峰期相比差距很明显。这个阶段的千手柱间缺乏对于身体的自主控制权，因此并不能摆脱大蛇丸的控制。
俗话说得好，没有永远的敌人只有永远的利益。按理说第四次忍界大战中大蛇丸秽土转生历代火影的阶段使用了柱间细胞增加秽土转生个体的战斗力，对于千手柱间来说摆脱大蛇丸束缚应该是轻而易举的事情，但是千手柱间并没有这样做。
个人认为这也显示了初代火影比较高的战斗经验，因为根据不同时间段的局势在做出决策对于离开火影忍者主世界时间太千手柱间来说是一个比较好的决策，虽然千手柱间平时看起来总是大大咧咧的样子，但是能够成为火影的人物都不简单，至少对于局势的判断能力和分析能力都是顶级的，而且在秽土转生出来以后千手柱间明显感觉到对于自身的束缚比较小，那么肯定是使用者有其他方面的诉求并且不惧怕历代火影摆脱秽土转生的束缚。
而在大蛇丸说出宇智波斑已经复活的情况以后千手柱间也了解到大蛇丸秽土转生的目的就是为了对付宇智波斑，这也是千手柱间和大蛇丸在第四次忍界大战中共同的敌人，对于崇尚永生的大蛇丸来说，一旦宇智波斑发动无限月读成功自己长命百岁的愿望就破灭了，陷入无限月读幻术的个体最终结果就是化为神树凝聚查克拉果实的养料。而千手柱间也不想看着自己亲手建立的木叶村以及村民最后成为牺牲品。
因此在共同利益的诱导之下千手柱间实际上并不担心大蛇丸控制自己做危害木叶村或者忍者世界歌剧的事情，而且这个阶段的大蛇丸也束缚不了千手柱间。第四次忍界大战中首发都有共同的敌人也就是宇智波斑，所以对于千手柱间来说摆脱秽土转生控制与否并不重要，最关键的是如何对抗宇智波斑。
虽然宇智波一族和千手一族矛盾的根源在于黑绝，但是实际上由于斑的各种行为还是给宇智波一族和木叶村实际控制者千手一族之间制造了更大的误会和隔阂 ，也是后期各种事件的导火索之一，而佐助能否不完全黑化也是后续剧情走向岸本预订设计的关键人物之一。
这样一来为了解决佐助的疑惑（为何三代火影要求宇智波有执行灭族行动），同时为了避免宇智波一族的唯一族人成为木叶村的敌人，清楚千手一族和宇智波一族恩怨由来的千手柱间就是一个合适的解决双方矛盾的人，当然这里边也有进一步塑造初代仁慈宽厚形象的考虑在里边。
也是弥补火影前期相关剧情缺乏的很有效的手段，而正是通过千手柱间的一番回忆让大蛇丸一伙和历代火影能够暂时放下以前的各种分歧进行合作的前提。个人认为后期千手柱间不解除大蛇丸的束缚并不是能力做不到，而是梳理剧情因果关系的需要。
在千手柱间第二次被秽土转生出来的阶段忍者世界的格局有了很大不同，宇智波斑的复活让大蛇丸和历代火影有共同的敌人，而且为了避免男二号佐助成为下一个宇智波斑，也为了衔接之前并不清晰的剧情主线（千手一族和宇智波一族的矛盾根源以及忍者村建立的过程）千手柱间才没有摆脱大蛇丸的控制。
而且从某一个方面来说千手柱间也希望字迹足够宽容和友善的举动让大蛇丸不至于继续和木叶村保持对立关系，一旦没有共同利益，双方以前的各种愁怨并不是能够轻松化解的，而大蛇丸掌握核心技术如果不难和木叶村达成和解未来扔扔会对木叶村构成威胁，因此千手柱间希望能够避免神树情况的发生，最好是能够让大蛇丸和木叶村能够在共同利益的驱使侠互惠互利。
最后总结一下，个人认为千手柱间不摆脱大蛇丸秽土转生控制的原因很简单：第一次是不能，因为大蛇丸使用了比较强力的控制手段（特殊符咒放入千手柱间秽土转生身体），第二次被秽土转生千手柱间有摆脱秽土转生的实力，但是由于剧情需要，为了避免佐助继续黑化，缓解大蛇丸和木叶村的关系以及对付宇智波斑的共同目标让千手柱间选择和大蛇丸合作。分析不到位地方请见谅 各位有其他想法欢迎留言讨论。
