1、亮度不同
由于人眼在绿色区域的频谱是最敏感的原因，人们看绿色激光笔发出的绿光时会感觉亮度要比红色激光笔发出的红光更亮。
2、发光原理不同
红色激光笔是结构最简单的激光笔，因为本身存在产生该波长的激光二极管，所以只要一个把电池做能源的二极管即可。绿色激光笔先要通过波长为808nm红外激光来产生非线性晶体，在产生1064nm红外光之后，再通过倍频产生。
3、使用范围不同
虽然红色激光笔和绿色激光笔都可以用于电子教学、演示文稿，不过还是红色激光笔在这方面的使用更为常见。除此之外，绿色激光笔常常被人们用于指点恒星和星座，但红色激光笔没有这个用途。
