目前流传下来的水浒传，以三个版本为主，即一百二十回本、一百回本、七十回本，这是三个水浒的主流版本。不那么主流的版本，也有几个，如一百一十五回本、一百二十四回本、七十一回本，主要是前三个版本的变种。三个主流版本各有看点，一百二十回本，故事性最完整，适合初读；一百回本一般认为是施耐庵的版本，即使改动也没做太大的改变。除了接近原版外，李卓吾先生的评论也是一大看点；七十回本纯是金圣叹个人意志版本，主要是将后三十回彻底删去，而增加了卢俊义的一个恶梦做结。 从名称上看，一百二十回本名为《忠义水浒全书》，一百回本名《忠义水浒传》，七十回本名为《水浒传》，回数越来越少，名称也越来越简单。不管版本与名称，随着这本书在民间的流传越来越广泛，读者也就不那么关心是否忠义，而更多地关心好汉们的命运，忠义水浒全书逐渐地被统称为“水浒”。
另外一个重要的改动是添加了大量的点评。在金圣叹之前，对水浒的点评上，李挚（卓吾）做得是相当出色而极具神采的。不过，在金圣叹看来，卓吾翁做的工作远远不够。于是，金圣叹在李卓吾的基础上，加了眉批、夹注、尾批，有时候一条批往往上百言，夸张的甚至上千言。对于心仪的几个大英雄，如林冲、鲁智深、武松，金圣叹更是从来不惜笔墨。也因此，中国文学的批评方式，到金圣叹这里至少在形式上得到发扬光大。
