1. 名字不同：120回本又名《水浒全传》。
2. 章回名称不同：120回版90回标题“五台山宋江参禅 双林镇燕青遇故”，100回版90回标题“五台山宋江参禅 双林渡燕青射雁”。120回版26回名称变为“偷骨殖何九叔送丧，供人头武二郎设祭”。
3. 情节不同，120回版多了讨伐王庆，田虎。
4. 人物不同，多了琼英等降将。
5. 100回版特有，从九十回起，在每回结尾记录离队，死亡的好汉。
6. 在宋江*阎婆惜，宋江给一丈青主婚等情节上，文字顺序两版本有不同处。
7. 120回没有开头诗词。同一段文字评价诗和100回多处不同。
