口袋妖怪主角介绍：神奥与合众

斗子是一位从鹿子镇出发的少女，儿时伙伴为黑连和白露。如果被选为主角，她会从红豆杉博士处得到最初拿到的宝可梦和宝可梦图鉴，并与黑连和白露开展各自的旅程。旅程早期，真菰会要求斗子做一件小任务，完成之后，斗子会收到Ｃ装置。

在旅程中，斗子会跟她的儿时伙伴们相见，并跟他们对战；她也会遇到神秘的男人Ｎ，他想创造人与宝可梦分开的世界，来达到他自己的目标，他会在游戏中多次跟斗子对战，斗子也会在她的旅程中跟等离子队对战。最后，她会被莱希拉姆或捷克罗姆（依据游戏版本而定）称为“英雄”。

如果没有选斗子为主角（选男主角），她会在对战地铁的多人列车线（褐线）出现，来担任主角的搭档。

小辉

​身高145cm，体重38kg，为日本文部科学省2006年进行的学校保健统计调查的全国11岁男生的平均数值。

玩家选择女主人公时：与妹妹、祖父、父亲居住在双叶镇，与父亲同为山梨博士的助手。在与山梨博士一同在心齐湖考察时，他们突然被野生宝可梦袭击，幸而被主人公与阿驯拯救，四人也因此相识。在山梨博士将图鉴以及初始怪兽赠与主人公与阿驯后，光辉也选择了剩下的那一只怪兽，一同展开了冒险。作为主人公的前辈，光辉向主人公演示了捕获怪兽的过程。当主人公到达206号道路时，赠送了主人公对战搜索器以及口袋雷达。在祝庆市，光辉与主人公协作击败了银河队，之后也致力于对抗银河队。在帷幕市，他的图鉴被银河队夺走，但在主人公的帮助下得以夺回。在山梨博士将大家召集至水脉图书馆进行如何对抗银河队的讨论后，光辉与山梨博士一同去心齐湖阻止银河团，可惜他们输给了伙星，幸而主人公再次赶到救场。此时，伙星会问起他与女主人公是不是情侣。在一周目后，光辉会留在山梨博士的研究所门口，继续进行着助手的工作。

小光

​身高140cm，体重34kg，为日本文部科学省2006年进行的学校保健统计调查的全国11岁女生的平均数值。 尽管显得瘦弱，但能够仅仅穿着短裙就在飘着大雪的217号道路上行动。 剧情 玩家选择男主人公时，作为山梨博士的助手出现，剧情与选择小光作为主人公时光辉的剧情相同，可参照光辉#剧情。 作为主人公的简要剧情： 与母亲两人住在双叶镇的主人公，与她的的青梅竹马阿驯一直梦想着捕获住在家附近的心齐湖的传说中的宝可梦。有一天，他们心齐湖冒险时，在那里遇见了山梨博士。机缘巧合之下，主人公与阿驯获得了初始怪兽与图鉴，得以开始冒险。 在收集徽章挑战宝可梦联盟的过程中，主人公多次与银河队发生冲突，先后在谷间发电站、银河百代大楼、睿智湖、立志湖与心齐湖等地击退银河队的干部。然而，银河队还是在天冠山召唤出了神奥地区传说中的宝可梦。终于，挫败银河团阴谋的重任落在了主人公身上。在击败银河队的头目后，主人公为了保护神奥地区，不得不与传说中的宝可梦——帝牙卢卡/帕路奇亚/骑拉帝纳展开了战斗。 解决了银河队的事件后，主人公又成功收集到了8个徽章，四天王发起了挑战，并最终击败了冠军，成为了新的冠军。但此时对战地带也开通了。于是，成为了冠军的主人公又以制霸对战开拓区作为新的目标而前进。