精灵宝可梦 火红
（日文︰ポケットモンスター ファイアレッド，英文︰Pokémon FireRed Version）与精灵宝可梦 叶绿
（日文︰ポケットモンスター リーフグリーン，英文︰Pokémon LeafGreen Version）是精灵宝可梦第三世代《精灵宝可梦》系列游戏。这是《红／绿／蓝》的重制版。
《火红／叶绿》的变更
新增
新增对战搜寻器——可以和户外训练家重新对战。
新增声音记录器——记录主要角色的资料。
新地点：七之岛，主角可以在这里捕捉同世代的《红宝石／蓝宝石／绿宝石》很难获得的第二世代的宝可梦。
火箭队的剧情延伸到七之岛。
在第２岛可以让最初拿到的宝可梦学习必*技。
第２岛有一间游戏城。
宝可梦培育可以在第４岛上进行。
七之岛的剧情结束后，四天王的队伍会增加第二世代的宝可梦。
可以在捕获城都地区的传说的三圣兽雷公、炎帝或水君，但只能根据选择的最初拿到的宝可梦而捕捉到对应的一只，分别为妙蛙种子——炎帝、小火龙——水君、杰尼龟——雷公。
变更
玩家可以选择男或女主角。
继承了第二世代、第三世代新增的特性、属性、携带物品、招式等系统。
在进入某些地点如常青森林、地鼠洞穴时，会有一个全屏的地点绘图显示。
小磁怪与三合一磁怪增加第二属性：钢属性。
某些第一世代宝可梦可以进化为第二世代或第三世代新增的宝可梦，例如吉利蛋可以进化为幸福蛋，但必须在满足获得全国图鉴的条件下才能进行。
传说的宝可梦闪电鸟、急冻鸟、火焰鸟拥有特殊的战斗背景音乐；超梦拥有专属战斗背景音乐。
与幻之宝可梦代欧奇希斯战斗时也有专属的背景音乐。
日版中，男性角色对话框的字体类似标准字体；而女性角色的字体类似手写字体。
海外版中，男性角色对话文字为蓝色；女性角色对话文字为粉红色。
所有四天王对战时都使用道馆馆主的背景音乐。
无人发电厂的背景音乐改为宝可梦屋的背景音乐。
版本限定宝可梦
兼容性与联动
NDS
《红宝石／蓝宝石／绿宝石》和《火红／叶绿》支持在任天堂DS和NDSL运行，但是不能使用通信功能，同时可以与第四世代游戏联动。
NDSi由于没有GBA卡槽，所以无法运行。
与第四世代联动
第四世代游戏可以在获得全国图鉴之后从第三世代的游戏中传送宝可梦到第四世代游戏中。在游戏卡在DS插槽中时，将GBA游戏卡插入任天堂DS机器里的GBA插槽中，随后第四世代游戏中的主角来到伙伴公园，即可从第三世代传送宝可梦。
学会第三世代秘传学习器招式的宝可梦不能从第三世代传送过来。如果想要传送，必须先寻求浅红市招式遗忘爷爷的帮助。
NDSi没有GBA卡槽，无法联动。
NGC
《红宝石／蓝宝石／绿宝石》和《火红／叶绿》支持在NGC上的外设Game Boy Player运行。
与竞技场系列联动
使用NGC TO GBA联机线链接GBA与NGC之后，在圆形竞技场或ＸＤ 黑暗洛奇亚中选择连接，即可进行联动
可以进行两台GBA的第三世代游戏对战，也可以将竞技场中获得的道具和进化的宝可梦以神秘礼物形式回传。
与宝可梦整理箱联动
使用NGC TO GBA联机线链接GBA与NGC。
保管箱
宝可梦整理箱 红宝石＆蓝宝石点选ボケモンポックスへいく后，《火红／叶绿》人物需站在七之岛第１岛的宝可梦网络中心的计算机前，直到GBA屏幕出现宝可梦整理箱 红宝石＆蓝宝石的LOGO就可以进行储存。
细节
《火红／叶绿》与第一世代游戏的剧情没有牵涉传说的宝可梦，也没有使用传说的宝可梦作为游戏封面。
《火红／叶绿》使用的游戏引擎是改良过的，与之前的《红宝石／蓝宝石》有些许不同，而且由于道具列表加入了部分《火红／叶绿》出现的新道具，《红宝石／蓝宝石》内也没有预留数据空位。因此如果因为漏洞等原因这些道具被回传到《红宝石／蓝宝石》的话，会导致《红宝石／蓝宝石》的存档崩溃报废。
之后的游戏中为了避免这个问题，因此就算当前游戏中没有出现的前作道具，也都悉数保留在游戏数据的道具列表里。
关于为何海外版也是《火红／叶绿》，而没有制作水蓝版，根据增田顺一在2004年的部落格所称“叶（Leaf）代表的是平和，和一种柔性的平衡，而不像水（Water）和火（Fire）一样对立，希望表达一种没有斗争的环境。”，但最后说到“这只是一种希望对海外玩家做出的合理的解释”并提到“每次决定标题都有商标注册上的困难”，根据日本的商标注册平台的查询结果，水蓝（暂译，日文︰ウォーターブルー，英文︰WATER BLUE）商标早在游戏发售前就已被明治食品株式会社注册。[4]
《火红／叶绿》的日版名称没有像原《红／绿》一样使用日文汉字，而是直接使用英语音译的片假名，但是为了表示是重制游戏，标上了赤、绿字样。
《火红／叶绿》与第一世代游戏一样，没有时间系统和昼夜设定，所有游戏内可重复触发的事件实际上是由主角行走的步数来刷新的。
所有需要昼夜作为进化条件的宝可梦（例如伊布进化为月亮伊布），这些宝可梦需要传输至《红宝石／蓝宝石／绿宝石》内进化。
《火红／叶绿》中龙属性的颜色是红蓝相间的，而在《红宝石／蓝宝石》和《绿宝石》中是紫色的。
精灵宝可梦 心金
（日文︰ポケットモンスター ハートゴールド，英文︰Pokémon HeartGold Version）与精灵宝可梦 魂银
（日文︰ポケットモンスター ソウルシルバー，英文︰Pokémon SoulSilver Version）是《精灵宝可梦 金／银》在任天堂DS上的重制版游戏。
和《火红／叶绿》发生在关都地区对应，《心金／魂银》的故事发生在城都地区，主角从若叶镇开始冒险。虽然游戏有了很多的新特性，但主线剧情依然与《金／银》类似，一些原来在《水晶版》独有的要素也加入到了《心金／魂银》中。就像《火红／叶绿》可以与《红宝石／蓝宝石／绿宝石》连接交换，《心金／魂银》也可以和《钻石／珍珠／白金》连接交换，来获得城都和关都地区不存在的宝可梦，比如草苗龟、小火焰猴与波加曼。
虽然《水晶版》已经加入了女主角，但《心金／魂银》中女主角更换为琴音。无论玩家选择男主角还是女主角，另一性别的主角都会作为游戏中的登场人物，就像《红宝石／蓝宝石／绿宝石》、《钻石／珍珠／白金》一样。
《心金／魂银》于2009年9月12日在日本发售，2010年2月4日在韩国，3月14日在北美，3月25日在大洋洲，3月26日在欧洲发售，而比利时、荷兰、卢森堡因报告故障推迟到2010年4月。
和之前游戏的不同
角色变化
男女主角有了新的设计，分别为响声和琴音。
火箭队手下有了新的设计，并有了新的4名火箭队干部，分别为阿波罗、雅典娜、拉姆达和兰斯。就像银河队干部的名字和行星相关，火箭队干部的名字和现实世界的火箭相关。
新要素
《心金／魂银》中可以到达的城都地区和关都地区
全部493种宝可梦都可以跟随在主角身后，异色的特殊颜色也会得到保留，玩家可以对著宝可梦按A键与宝可梦交流并查看心情，在对战中宝可梦会从身旁而非精灵球内登场。除非一些特定的情况，例如骑着自行车，或者较大体积的宝可梦进入较小的空间内。
常青市的训练家之屋出现的会是通过两个宝可计步通信的训练家。
跑步鞋可以在吉花市获得，并可在菜单中选中即可使用。登记的重要物品，也可在触摸屏直接选择。《心金／魂银》中可以登记2个重要物品。
由于没有对战搜寻器，宝可梦齿轮的电话功能可以无限多次地请求训练家对战，不过可以再度对战的训练家以时间和星期而定。
宝可梦寄放系统、包包、同行的宝可梦的界面，以及游戏菜单的操作，可以完全使用DS的触摸屏。
愤怒馒头成为了重要物品。
首次和劲敌对战时，他的名字显示为“过路的少年”，而不再是原作中的“???”。在回到若叶镇后，仍然需要为他起名字。
在对战外使用潮旋，漩涡并不会像《金／银》一样消失，而是直接通过漩涡。
携带特定的基础点数增强道具生蛋可能会遗传宝可梦的个体值。
使用头锤撞击特定的树木，依然可以遇到野生宝可梦，不过在《心金／魂银》中，获得全国图鉴后还可遇到丰缘地区和神奥地区的宝可梦。
阿杏在道馆中的位置变为在道馆的中间。
在游戏中出现的摄影师可以为训练家和同行的宝可梦，以及道馆馆主和一些名人合影，拍摄纪念照片。
空木研究所有了第二层，其中住着空木博士一家，原先的房子则住着琴音／响声一家。
《水晶版》中浅黄市西部的对战塔，成为了和《白金》相同的对战开拓区。
在湛蓝市西部，有了两条新的道路，分别为４７号道路和４８号道路，通往狩猎地带入口和埋藏之塔以及断崖洞窟。
白银山变得比以前更大，常青森林恢复了原貌。
华蓝洞窟和双子岛保持了和《火红／叶绿》一样的存在，尽管夏伯依然要在双子岛挑战，并且可以与其中的传说的宝可梦对战。之前在冠军之路和灯火山出现的火焰鸟，《心金／魂银》中出现在了白银山。
金黄市的格斗道场与神奥地区的对决场类似，可以和道馆馆主再度交战。
在若叶镇和１４号道路出现了风力发电机。
宝可梦齿轮有了全新的设计，并可根据玩家的选择更换界面样式。
城都图鉴有了略微的变化，加入了一些第四世代出现的宝可梦进化形。
可以通过电梯登上满金收讯塔的观景台，把第二录音室替换掉了。
和《火红／叶绿》一样，进入特定的地点会显示过场画面，一些地方的过场画面会随着时间的不同而有所不同，一些地方还会显示在这个地点中出现的某种宝可梦。
之前的果实树全部变为球果树。
如《白金》，道馆馆主、四天王、劲敌和赤红都有了动态的对战图像和引入画面。许多道馆也有了新的设计和新的谜题。
碎岩从招式学习器成为了秘传学习器，清除浓雾不再是秘传学习器，相应的秘传学习器０５成为了潮旋。
攀岩和《钻石／珍珠／白金》一样为秘传学习器０８，并且需要常青道馆的绿色徽章才可以在对战外使用。同样一些洞窟和悬崖可以通过攀登到达。
主角可以在３２号道路以及满金市看到磁浮列车的轨道。
玩家可以看到自己所拥有的关都徽章，在《金／银》之中只能看到城都的徽章。
在对战外观察宝可梦的能力值时，会有蓝色标记因性格影响降低的能力值，红色标记增加的能力值。
和宝可表的标记地图功能类似，主角可以从宝可梦齿轮的地图处得知游走宝可梦位置。
在《心金／魂银》中可以通过飞翔到达宝可梦联盟大门，并且从接待处或石英高原飞向关都或城都的任何一处。有趣的是，在２６号道路可以飞向城都地区，而在更西边的２７号道路却只能飞向关都地区。另外，在《火红／叶绿》中可以飞翔的４号道路与１０号道路的宝可梦中心，在《心金／魂银》中并不能通过飞翔到达。
部分宝可梦能学会新的招式，比如波克比可以通过遗传学会神通力。
剧情变化
在两个版本中都可以遇到凤王HG与洛奇亚SS，并且只有在与凤王／洛奇亚对战后才可以参加宝可梦联盟。这点和《红宝石／蓝宝石／绿宝石》、《钻石／珍珠／白金》类似。在原作中，并不需要和凤王或洛奇亚对战。
圆朱舞场的5名舞姬在游戏中多次登场，并会寻求主角的帮助。在从空木博士那里得到大师球之后，每位舞姬会和主角对战，对战之后，她们会前往铃铛塔
HG／漩涡列岛SS，通过跳舞来分别召唤出凤王或洛奇亚。在《金／银》中，主角需要在圆朱舞场和5名舞姬对战并获得秘传学习器０３（冲浪）。在《心金／魂银》中，则是和一位闯进圆朱舞场的火箭队手下交战来获得。
虹色之羽和银色之羽只能使主角分别进入铃铛塔和漩涡列岛，只有在获得透明铃铛或海声铃铛之后才能分别使舞姬召唤出凤王与洛奇亚。但由于《心金》中无法获得海声铃铛，《魂银》中无法获得透明铃铛。在登入名人堂后分别与洛奇亚HG／凤王SS对战并不需要铃铛道具。
与《金／银》不同的是，在完成某些特定任务之后才可以继续游戏，比如获得宝可梦齿轮的收讯卡之后才可以挑战小茜。
将官方活动赠送的皮卡丘色皮丘带到桐树林祠堂可以发生事件，出现刺刺耳皮丘。
其它地区的传说的宝可梦，包括丰缘地区的盖欧卡HG／固拉多SS可以在《心金／魂银》中获得。在将固拉多和盖欧卡传入同一个游戏中带给大木博士后，还可以获得烈空坐。在和大吾交谈后，拉帝亚斯HG／拉帝欧斯SS就会在关都地区游走。火焰鸟、急冻鸟、闪电鸟可以在关都的特定地点遇到，超梦则会出现在华蓝洞窟。
在和阿尔宙斯有关的事件中会有竹兰登场。把阿尔宙斯带到阿露福遗迹，接着可以进入神都遗迹，并获得等级为1的帝牙卢卡、帕路奇亚或骑拉帝纳。由于白金宝珠不能带到宝可梦上连接交换，所以这是在《心金／魂银》中获得白金宝珠及起源形态骑拉帝纳的唯一方式。
谜之水晶是和无限船票类似的道具，可以获得另一只拉帝欧斯HG／拉帝亚斯SS。
将命中注定般的相遇的谢米带到满金市的花店，可以获得葛拉西蒂亚花。
《心金／魂银》中的树果，可以用碎片和桔梗市和浅红市的魔术师交换得到，在宝可计步器中得到，隐藏在地面，或者妈妈帮忙购买之后送到友好商店。由于一些树果并不能直接得到，所以需要像《火红／叶绿》中一样从其它版本交换。虽然树果不能像在丰缘和神奥一样在地面生长，但可以通过树果种植盆使树果生长，并用杰尼龟喷壶来浇水。
打败赤红后，关都和丰缘的最初拿到的宝可梦可以分别从大木博士和大吾处获得。
活动事件限定的时拉比可以使原火箭队老大坂木出现。
在获得16个徽章之后，可以获得ＧＢ播放器，以切换背景音乐的风格，新的音乐例如４７号道路和４８号道路的音乐，也有了GB风格的版本。一些GB风格的音乐，比如GAME FREAK的标题画面曲，可以通过宝可梦齿轮的广播功能收听。
和《水晶版》类似，雷公、炎帝、水君依然会从烧焦塔离开，并且之后雷公和炎帝会在城都游走，水君则会在城都和关都多个地点出现，最终在２５号道路，而非铃铛塔相遇。
新系统
和《火红／叶绿》附送GBA无线通讯器类似，《心金／魂银》会附送精灵球形状的宝可计步器，可以和游戏连接，并在其中存放一只宝可梦。带着宝可计步在走路的途中可以给宝可梦增加经验值和亲密度。一些宝可梦可以在宝可计步中收服并传入游戏中。
在满金市西北方有了新的竞技项目——宝可梦全能竞技赛。
伙伴公园位于原先浅红市的狩猎地带所在地。
音乐和音效变化
游戏音乐进行了重新编曲，以适应DS平台。在游戏中可以得到ＧＢ播放器以切换至《金／银》的音乐风格。
游戏中大量使用音效，例如水流声，风吹声，和主角走到草丛中的声效。
圆朱市和湛蓝市原先有相同的主题音乐，现在使用了这个主题音乐的不同重制版本。
关都的一些音乐有略作改变，月见山和双子岛分别变为了与互连洞和冰雪通路相同的音乐。华蓝市、浅红市、红莲岛及２４号道路，不再使用与深灰市、玉虹市、金黄市、３号道路相同的音乐，转而回到《红／绿／蓝／皮卡丘》和《火红／叶绿》中使用的音乐。然而２号道路的音乐与任何前作均不相同；在《金／银／水晶版》中使用的常青森林音乐的重制版，在《红／绿／蓝／皮卡丘》和《火红／叶绿》中则是１号道路的音乐，在《心金／魂银》中则使用了３号道路的音乐。
洛奇亚和凤王有了各自的对战音乐，雷公、炎帝、水君则使用在《水晶版》中的对战音乐的重制版本。
宝可梦
和《金／银》一样，在《心金／魂银》主要出现的宝可梦依然是城都和关都地区的宝可梦。由于第二世代之后的许多改进，城都图鉴增加了通过学习招式而进化成为宝可梦，一共达到256种。这一点和《火红／叶绿》的关都图鉴不包含亲密度进化的宝可梦不同。
和《钻石／珍珠／白金》类似，《心金／魂银》在打败四天王并登入名人堂后可以获得全国图鉴，遇到城都图鉴以外的宝可梦。丰缘和神奥的宝可梦可以用多种方式获得，例如大量出现，使用宝可梦齿轮播放特定地区的音乐，每周三为丰缘音乐、每周四为神奥音乐。捕虫大赛在星期四和星期六也会出现丰缘和神奥的宝可梦。而狩猎地带和宝可计步器在特定条件下也会出现不同地区的宝可梦。
关都和丰缘的最初拿到的宝可梦也可以分别从大木博士和大吾那里得到。一些原作中不包含的传说的宝可梦，比如急冻鸟、火焰鸟、闪电鸟和超梦，也可以在《心金／魂银》获得。
虽然《心金／魂银》是《金／银》的重制，但除了版本限定的宝可梦和特定的道路以外，野生宝可梦的分布数据更类似《水晶版》。
和所有的精灵宝可梦主系列游戏一样，《心金》和《魂银》都存在各自限定的，不能在另一版本获得的宝可梦，列表如下：
另外烈空坐比较特殊，需要双版本同时捕获固拉多和盖欧卡取得朱红色宝珠和靛蓝色宝珠之后获得草绿色宝珠才可捕获。
若在游戏拥有谜之水晶，则可以捕获拉帝欧斯HG／拉帝亚斯SS。
兼容性与联动
3DS
3DS可以直接运行《心金／魂银》。
与第三世代联动
可以在获得全国图鉴之后从第三世代游戏中传送宝可梦到《心金／魂银》中。在游戏卡在DS插槽中时，将GBA游戏卡插入任天堂DS机器里的GBA插槽中，随后来到位于浅红市的伙伴公园，即可从第三世代传送宝可梦。
学会第三世代秘传学习器招式的宝可梦不能从第三世代传送过来。如果想要传送，必须先寻求浅红市招式遗忘爷爷的帮助。
NDSi没有GBA卡槽，无法联动。
与第五世代联动
因为第四世代与第五世代同在DS上的特殊情况，两个世代游戏间的联动采用了神奇传送的方式。
第五世代游戏进入传送工厂。之后在另一台DS上使用Download Play模式下载传送工厂的特别程序。
下载了特别程序的DS插入第四世代游戏卡，就会自动识别宝可梦，之后可以进行选择和传输，不过无法回传。
与宝可梦对战革命联动
在宝可梦对战革命中选择对应的联动功能之后，进入搜索界面，第四世代游戏的主菜单会自动出现Wii的选项，选择后即可与Wii连接。
可以复制神奇宝贝进行战斗，可以进行两台DS的第四世代游戏对战，也可以将对战革命中获得的道具和宝可梦以神秘礼物形式回传。
与精灵宝可梦保育员系列联动
在巡护员完成“W任务”、巴特那吉或光的轨迹完成下载任务之后，可以将玛纳霏的蛋以神秘礼物形式回传。
与宝可计步器同步
在《心金／魂银》的开始菜单内有“与计步器同步”的选项，进入后选择一只需要同步至宝可计步器的宝可梦，之后将宝可计步器放置于正对游戏卡的地方即可传输。
细节
在《皮卡丘》发售相隔11年以后，《心金／魂银》为第二款可以让宝可梦跟随在主角身后的作品。跟随在身后的宝可梦可以阻挡NPC的移动。
《心金／魂银》的日版名称没有像原《金／银》一样使用日文汉字，而是直接使用英语音译的片假名，但是也和《火红／叶绿》一样，标上了金、银字样。
和《火红／叶绿》对比《红宝石／蓝宝石／绿宝石》的训练家形象完全重新设计的情况不一样，《心金／魂银》中一些训练家类型依然是沿用了《钻石／珍珠／白金》的形象。
在《心金／魂银》的对战开拓区内是《钻石／珍珠／白金》的形象，但在其他地方为《心金／魂银》的形象。
《心金／魂银》是首个在日文版发售之前，就在海外公布的宝可梦游戏。
《心金／魂银》是首个主要登场人物会与主角交换宝可梦的版本，包括道馆馆主小刚、马志士、阿蜜和丰缘地区前冠军大吾。
《心金／魂银》也是首个游戏内交换允许使用任何宝可梦的版本，阿蜜会用她的大钢蛇与任何宝可梦交换。
《心金／魂银》是首个带有反侵权机制的游戏版本。
和《火红／叶绿》的开始音乐和《红／绿》相似不同，《心金／魂银》制作了全新的开始音乐，与《金／银》不同，不过音乐中也包含了原作音乐的一些片段元素。
《心金／魂银》是首个片尾包含道馆馆主、四天王和邪恶组织成员的游戏。
《心金／魂银》是首个在加拿大同时以英语和法语发售的精灵宝可梦游戏。
在日文版的《金／银》中，小小象和顿甲限定于《金》，熊宝宝和圈圈熊限定于《银》；在海外版本中恰恰相反，熊宝宝和圈圈熊限定于《金》，小小象和顿甲限定于《银》。而在《心金／魂银》的各语言版本中，均为小小象和顿甲限定于《心金》，熊宝宝和圈圈熊限定于《魂银》。
精灵宝可梦 欧米伽红宝石
（日文︰ポケットモンスター オメガルビー，英文︰Pokémon Omega Ruby）和精灵宝可梦 阿尔法蓝宝石
（日文︰ポケットモンスター アルファサファイア，英文︰Pokémon Alpha Sapphire）是《红宝石／蓝宝石》在任天堂3DS的重制版游戏。
本作在2014年5月7日于精灵宝可梦官方网站首次公开，对应的游戏平台为任天堂3DS，于2014年11月21日在全球部分地区同步发售，包括日本、北美、澳大利亚、台湾、香港和韩国*，玩家能以零售或在任天堂eShop下载的方式来获得。
和《红宝石／蓝宝石》的不同
宝可梦
能够超级进化的宝可梦数量增加，增加可以超级进化的宝可梦有：蜥蜴王、巨沼怪、勾魂眼、巨金怪、蒂安希、七夕青鸟、暴飞龙、长耳兔、差不多娃娃、呆壳兽、喷火驼、巨牙鲨、艾路雷朵、烈空坐、大针蜂、大比鸟、大钢蛇和冰鬼护。
拉帝亚斯和拉帝欧斯的超级石拥有了获得方式。
固拉多和盖欧卡可以携带宝珠进行原始回归，形态转换为原始固拉多和原始盖欧卡。
胡帕拥有新形态——解放胡帕。
丰缘图鉴新增了艾路雷朵、大朝北鼻、黑夜魔灵、铃铛响、超甲狂犀、雪妖女、含羞苞、罗丝雷朵和自爆磁怪共9只第四世代宝可梦插入原编号中。
尾部心型部分是黑色的特殊皮卡丘可以换装为换装皮卡丘，5种形态分别对应了宝可梦华丽大赛Live！的5种组别。包括了偶像皮卡丘、博士皮卡丘、面罩摔角手皮卡丘、贵妇皮卡丘、硬摇滚皮卡丘。
在第一轮游戏结束后，小田卷博士会再送出城都地区、合众地区和神奥地区的最初拿到的宝可梦，是历代版本中送出最多初学者宝可梦的版本。
第一轮游戏后期可以遇见很多丰缘图鉴中不存在的宝可梦，包括部分传说的宝可梦。
新故事
在原有的版本中，游戏内容之间经过的路程被简化，在剧情后会自动前往目标地点，而不需要玩家自行前往。
主角在登入名人堂后，会进入EpisodeΔ剧情，主角能在EpisodeΔ中收服代欧奇希斯。
祐树和小遥可以获得超级手镯。
开场画面使用了从宝可梦多功能导航器上的原有版本画面过渡到重制版本的画面，背景音乐也随画面过渡到新版本。
熔岩队和海洋队成员都有了新的形象。
大吾在欧米伽红宝石／阿尔法蓝宝石中不仅担任冠军，而且他会寻找超级进化的秘密。
主角能在EpisodeΔ可以挑战米可利在《绿宝石》的冠军队伍。
四天王芙蓉会在登入名人堂前使用黑夜魔灵，四天王波妮会在登入名人堂前使用雪妖女以及１１７号道路的宝可梦培育家郁惠会使用含羞苞。而满充的雄性拉鲁拉丝不再进化为沙奈朵，而是进化为艾路雷朵，且可以进行超级进化。
第一轮游戏完成后的动画变为了主角在丰缘地区完成游戏剧情的照片片段，同时会出现当时同行的宝可梦中首只宝可梦。
与ＡＺ的战斗类似，在第一轮游戏最后增加一场与祐树或小遥（视选择主角而定）的战斗。
要素变化
主角可以通过飞翔前往城市之外的地点。
主角骑自行车可以进入高草丛。
主角可以同时拥有两台自行车。
游戏中，可以改变背景音乐的功能。
各个城市出现大量与卡洛斯地区有关的内容，如风野自行车店的自行车全部变为卡洛斯进口，紫堇市与密阿雷市成为友好城市，并出现卡洛斯的旅游信息等。
水静美术馆内出现部分第四世代的传说的宝可梦的画像。紫堇市二楼住宅区的其中一间房间出现棱镜塔和精练之塔的相片。
玩家不需要通过活动赠送道具才能前往南方孤岛，而是成为剧情必经之地。
紫堇市由露天城市变为了一座回字形二层建筑。增加了宝可梦里程中心、紫堇美食广场、奖章店、反转屋等地点。
对战名胜区替换了《红宝石／蓝宝石》中的对战塔。
弃船被替换为海紫堇。
紫堇市的游戏城歇业了。
水静市的宝可梦中心旁增加了一名回忆少女。
主角如果将一只宝可梦从《红宝石／蓝宝石／绿宝石》跨世代传送到《欧米伽红宝石／阿尔法蓝宝石》中，将传送的宝可梦放在首位，主角能在静水民宿内获得一张时光旅行证明书。
天旱焦岩的楼层扩充，觉醒祠堂剧情结束后，主角能在此处遇见席多蓝恩。
新系统
宝可梦华丽大赛变更为宝可梦华丽大赛Live！，琉琪亚作为宝可梦华丽大赛Live！的偶像登场。
时间系统根据第四世代之后的设定增加了昼夜设定。
秘密基地变更为超级秘密基地，并增加了秘密小岛、秘密海滨和秘密花圃3个创建秘密基地的新区域位于游戏中。且增加了基利作为秘密基地专家登场。
无限宝可梦的超级进化形态可以进入翱翔天空，使主角在全丰缘地区上空飞行，寻找天空中的裂缝以及其中部分岛屿，能遇见由胡帕传送而来的第二世代、第四世代及第五世代的传说中的宝可梦。主角能够前往的岛屿包括原始森林、无名平原、未知洞窟、朦胧洞窟、歪曲洞穴、弓形之岛。
宝可梦导航器变更为宝可梦多功能导航器，拥有图鉴领航、地图领航、电视领航、游戏领航4个功能。
主角能与训练家进行群聚对战。
宝可梦
版本限定宝可梦
若拥有无限船票，则可以捕获拉帝亚斯ΩR或拉帝欧斯αS。
因为洛奇亚及凤王是版本限定，在连接对战时选择对战背景音乐，《欧米伽红宝石》不能选择音乐13（洛奇亚专属战斗背景音乐），《阿尔法蓝宝石》不能选择音乐12（凤王专属战斗背景音乐）。
虽然西海和东海无壳海兔和海兔兽是版本限定，但是《阿尔法蓝宝石》中却能通过东海的雄性无壳海兔和海兔兽与百变怪生蛋获得西海的无壳海兔。
兼容性与联动
与宝可梦全球连接联动
《欧米伽红宝石／阿尔法蓝宝石》支持宝可梦全球连接*，一个账号可以绑定《欧米伽红宝石／阿尔法蓝宝石》游戏各一个。
《欧米伽红宝石／阿尔法蓝宝石》的宝可梦全球连接主要的内容是宝可梦英里俱乐部。
与宝可梦虚拟银行联动
2014年11月19日，宝可梦虚拟银行升级v1.2以支持《欧米伽红宝石／阿尔法蓝宝石》。插入《欧米伽红宝石／阿尔法蓝宝石》游戏卡，或者游戏主机内存在下载制品版的《欧米伽红宝石／阿尔法蓝宝石》时，进入宝可梦虚拟银行，可以在宝可梦虚拟银行服务器上存储宝可梦，总量是3000只。
宝可梦虚拟银行服务需要付费。
与第五世代联动
通过宝可梦虚拟银行与宝可梦运输装置，可以将第五世代的宝可梦转存至宝可梦虚拟银行的服务器中，再由第六世代游戏取得。
细节
该作的其他常用译名是终结红宝石／初始蓝宝石版。
《欧米伽红宝石／阿尔法蓝宝石》的名称中的“Alpha”与“Omega”分别为希腊字母中的第一个和最后一个字母，两字母放在一起含有“起始与终末”之意，此象征源于新约圣经启示录第一章第八节的经典名句。
本作在日本的发售时间与上一款重制作品《心金／魂银》的发售时间隔了五年，而《心金／魂银》在日本的发售时间与上一款重制作品《火红／叶绿》恰好也是间隔五年。
《欧米伽红宝石／阿尔法蓝宝石》日版的发行时间与《红宝石／蓝宝石》同为11月21日，相差了12年。
著名游戏网站IGN对本作的评分为7.8/10，是目前历代作品中最低的，而减分理由是秘传学习器和水域太多。
《欧米伽红宝石／阿尔法蓝宝石》是系列中第一款可以在通关之前升级为全国图鉴的版本，也是在某些战斗开始前就切换到战斗背景音乐的版本。
和《Ｘ／Ｙ》一样，《欧米伽红宝石／阿尔法蓝宝石》大部分对战外场景没有3D效果，但是剧情动画和一部分场景有3D效果。
《欧米伽红宝石／阿尔法蓝宝石》调低了遇见野生宝可梦的概率，调高了烈空坐的捕获率。
