性别（日文︰せいべつ，英文︰Gender）是第二世代引入的要素，但在第一世代中尼多兰与尼多朗已经拥有性别（通过名字来区分）。
它是生蛋的基本要素。除超能妙喵的特殊情况以外，性别不对宝可梦的能力有任何影响。
宝可梦
固定性别
尼多兰与尼多朗
尼多兰与尼多朗本来被设定为同一种宝可梦的性别差异，但在第一世代没有性别系统，所以通过名字来显示性别，并被分给两个独立的编号。
在第二世代引入生蛋系统之后，尼多兰与尼多朗可以进行生蛋，但与一般的蛋与母亲种族相同的情况不一样，尼多兰或尼多朗家族与百变怪生蛋孵出的宝可梦有50%几率是尼多兰，50%几率是尼多朗。
尼多朗
尼多兰
尼多力诺
尼多娜
尼多王
尼多后
其他
与尼多兰与尼多朗相似，以下的宝可梦在同一行中也可以进行生蛋。
电萤虫
甜甜萤
绅士蛾
结草贵妇
非正式的配对
有些组合并非各自是单一性别，或是不能在生蛋系统上形成上述的性别配对效果。它们可能是不出现在同一世代的，或者是其他情况，只是因为在设定和形象上有所联系，被爱好者普遍视作配对。
肯泰罗
大奶罐
艾路雷朵
沙奈朵*
冰鬼护*
雪妖女
拉帝欧斯
拉帝亚斯
达克莱伊*
克雷色利亚
毛头小鹰
秃鹰丫头
勇士雄鹰
秃鹰娜
*可以为任意性别或无性别
无配对的单一性别宝可梦
有些宝可梦只有唯一的性别，并且没有看似可行的配对。
雄性雌性
飞腿郎吉利蛋
快拳郎袋兽
无畏小子迷唇姐
战舞郎迷唇娃
投摔鬼幸福蛋
打击鬼蜂女王
龙卷云小福蛋
龙卷云百合根娃娃
土地云裙儿小姐
花蓓蓓
花叶蒂
花洁夫人
焰后蜥
甜竹竹
甜舞妮
甜冷美后
性别差异
主页面：拥有性别差异的宝可梦列表
第四世代起，两只不同性别的同种宝可梦可能会在形态上出现微妙的不同。比如雄性的雷丘尾巴尖端的电光是锋利的，而雌性的则不是。
部分性别差异极大，甚至需要像形态差异一样分别有各自的绘图和形象数据空位。这样的宝可梦有：
高傲雉鸡
胖嘟嘟
轻飘飘
火炎狮
超能妙喵
超能妙喵
超能妙喵的差异比任何宝可梦都大，已经完全达到了形态差异的程度，不同性别的不仅特性不同，甚至升级学习招式也有区别。这使得不同性别的超能妙喵的对战方式截然不同，雄性更擅长影响，雌性更擅长进攻。
特性对比
超能妙喵
雄性
超能力
锐利目光 或 穿透
隐藏特性：恶作剧之心
超能妙喵
雌性
超能力
锐利目光 或 穿透
隐藏特性：好胜
性别差异进化
有些宝可梦只有在特定性别时才会进化：
只有奇鲁莉安 ♂可以进化为艾路雷朵。
只有雪童子 ♀可以进化为雪妖女。
结草儿 ♀在20级时会进化为结草贵妇，而结草儿 ♂会进化为绅士蛾。
三蜜蜂 ♀在21级时进化成蜂女王，三蜜蜂 ♂则不会进化。
夜盗火蜥 ♀在33级时进化成焰后蜥，夜盗火蜥 ♂则不会进化。
对战中
招式
迷人和诱惑只对性别与使用者不同的宝可梦有效，并且若使用者和目标中只要有一方为无性别，招式无效。
特性
斗争心、迷人之躯特性与性别有关。
有些宝可梦可能会因为外貌等原因被误以为只有单一性别，但实际上并非如此。这也可能遭到一些玩家的吐槽。
例如：沙奈朵、哥德小姐、长耳兔的外貌看起来较为偏向雌性；而怪力、修建老匠、铁掌力士则较为偏向雄性。
有些性别不明的宝可梦甚至也偏向单一性别，例如美洛耶塔、蒂安希、捷克罗姆、莱希拉姆等。
