平台
红蓝宝石版在GBA上运行。
终极红宝石和始源蓝宝石在3DS上运行，支持七国语言。
神奇宝贝
新增能够超进化的神奇宝贝数量，已经公布的新的超级神奇宝贝包括蜥蜴王、巨沼怪、勾魂眼、巨金怪、蒂安希。
固拉多和盖欧卡可以进行原始回归，变化后形态为原始固拉多和原始盖欧卡。
人物与剧情
祐树和小遥开始携带超级手镯，类似于XY版中的超级环，服装变化接近绿宝石版，但是配色仍然与红蓝宝石版相似。
火岩队和水舰队依然根据版本不同作为正义方或敌对组织，各成员都有了新的形象。
大吾继续出现并作为引导主人公的关键青年，而且在本作中他会寻找超进化的秘密，并且担任丰缘地方的冠军。
功能
原作中的秘密基地进化为超级秘密基地，并对应3DS的瞬缘通讯。
购买一台3DS，可以玩到目前所有宝可梦正统作品。 初代红绿蓝皮四版，可以在ESHOP购买官方模拟器（Virtual Console）版。 二代金银水晶三版，同上。 三代宝石版不能直接玩，但是14年在3DS上出了重制版《欧米茄红宝石/阿尔法蓝宝石》，体验比原版还好得多。 四代钻石珍珠白金，直接插NDS卡带就能玩。 五代黑白12，同上。 六代XY，直接插3DS卡带。 七代日月，同上。
