佛教
清朝自康熙至乾隆，虽然总体上对于佛教(藏传佛教除外)较为冷淡，不过对于稳定社会仍有一定的帮助。乾隆:“彼为僧为道，亦不过营生之术耳。穷老孤独，多赖以存活。其劝善戒恶，化导愚顽，亦不无小补。”清朝皇帝多与僧人来往，顺治帝先后与名僧憨璞性聪、玉林通琇、茚溪行森和木陈道沁等互相交流，顺治本人曾削发打算出家，他所宠爱的董鄂妃在他的影响下也栖心禅学。再如康熙在外出巡，每往名山巨刹，为之题字撰碑。雍正喜读《金刚经》，也多与佛教徒往来，选编语录，俨然以禅门宗匠自居。
不过佛教无限制的发展，对统治者也有不利之处，如果太多人民出家，政府征税的对象就会减少，寺院上层兼并土地，发展寺院经济，就会加强土地集中的程度，激化社会矛盾，一些犯法的人，往往藏身寺庙作为躲避惩罚的手段，某些“聚众为‘匪’之案”，甚至“多由‘奸邪’僧道主谋，“平时‘煽惑’愚民，日渐酿成大案。"，因此清朝一方面保护佛教，另一方面又对之加以限制。清朝限制佛教的办法主要有三种，设置僧官、实行度牒制度与不许擅造寺庙。佛教在限制下仍有一定影响力。佛教各派，除了禅宗还算盛行之外，其精神日趋世俗化，宗风也随之衰落。另外如净土宗、律宗、也仅能保持典型。乾隆时，曾禁止各地建立新寺院，民间出家为僧者也受限制。士大夫虽喜谈佛学，但只是谈论佛理，没有兴隆佛教的意愿。
清朝为笼络内外蒙古、青海、西藏外族，优礼和尊崇藏传佛教(亦称喇嘛教)，顺治八年，特于北京建造一大喇嘛庙，度喇嘛一百余人，皆内府诸旗王公属下满州人。雍正帝曾得喇嘛之助继位，之后以其潜邸改建为雍和宫大喇嘛庙，成为北京也是当时中国最大之喇嘛庙。雍正五年，又为蒙古之哲布尊丹巴呼图克图，建大喇嘛庙，发帑银十万两之多。并尊哲布尊丹巴为喀尔喀大喇嘛，其地位与西藏之达赖、班禅鼎立为三，后世称为“活佛”。乾隆帝曾经把藏传佛教作为解决现实社会矛盾的方法不过也以理藩院来控管其发展。藏传佛教虽然表面上受到君王的礼遇，不过事实上不像元明前两代如此兴旺，乾隆末年发生川楚教乱，使藏传佛教渐走衰落之途。
道教与民间宗教
道教在宋朝最为盛行，之后元明两代对其仍为优遇，到了清朝，帝室虽然也信奉道教，但不如前代之盛行，清朝对道教的政策与对待其他宗教一样，既保护又加以控制。清朝的道教在明朝衰落的基础上，进一步走向衰落。其主要原因如下:
满族统治者对道教素无信仰，他们在入关前尊奉藏传佛教格鲁派，乾隆时又宣布黄教为国教。
清朝在思想上更加重视程朱理学，宣扬“忠”“孝”观念，以束缚人们思想，麻痹人们斗志。他们收罗一些理学家，如李光地等，纂修性理精义等书，颁行天下。而这些理学家则对释、道两教进行攻击。
基督教传入中国后，也使部分群众改信其教。民间秘密宗教的发展，这些民间宗教往往是正统道教的流衍，因此道教实际上慢慢演变成这些民间宗教。
衰落最根本原因是时代发生急剧的变化。商品经济的发展，生产水平的提高，世界交流的频繁，科学技术的传入和进步，新文化、新思想的兴起，这些衰落的表形，使其在政治上的地位日益下隆，另外道教教义学说陈陈相因，已停滞不前;道教上层人物日益腐化，失去群众;道教也与儒佛两教教日趋融合，使其自身的特点日益消退。
由于正统的道教逐渐衰落，促成民间宗教的崛起。其为道教的变种与流衍。因为他们被统治者视为“邪教”，而只能秘密传播，但传播的范围却很广泛这些的民间宗教，名目不下数十百种。
民间宗教的思想内容，大量抄袭佛、道、儒等各家的教义，但也有不同之处。其中最多宣传的东西，是关于弥勒等神佛下凡和劫变的观念，以及关于“真空家乡，无生父母”的信仰。民间宗教的所有这些宣传，无疑是一种封建迷信，表达人民的不满和抗议，它给人们以安慰和希望，在一定程度上反映人们要求改变现实愿望，因此容易被人民所接受，可以成为组织，号召贫苦群众参加起义的工作。有些民间宗教，还有明确的“反清复明”思想，如清茶门教宣传，“清朝已尽，四正文佛落在王门;胡人尽，何人登基;日月复来属大明，牛八元来是土星。”这些民间宗教如白莲教与天地会，在清朝中叶以后，发动许多起义活动，如:川楚教乱、林爽文事件等等，对清朝国力造成很大的损伤。
伊斯兰教
从元朝开始，西域伊斯兰教教徒大量来到中国各地，穆斯林居住于甘肃、陕西、四川、山西、直隶、广东、云南等省。清廷对伊斯兰教采取放任的态度，尊重他们的信仰，用他们的法律来处理纷争，但是比起元、明前两代来说较为没落，清朝防制回人的法律极严，内地各省，回人犯法，判罪较一般犯人为重，凡罪当流徒，一般人民可申请存留养亲者，回民却不得申请。在回疆，清朝每于重要所在分建汉、回二城，限制回民的自由，并禁止汉回通婚，在公文书中，则民、回别称，表示将回民排斥于一般平民之外。由于受到清朝及汉人的压制，在清朝统治期间，清朝末年时，甘肃、陕西、云南这三省曾发动叛乱。康熙顺治年间，甘州回民丁国栋、米喇印起兵造反，乾隆年间的大小和卓之乱，嘉庆年间张格尔据浩罕叛，道光同治年间的陕甘回变与云南回变一时俱起。
基督教
满清入关后，汤若望、南怀仁等教士，先后被任命为钦天监主要官员，他们利用职务之便来传教，虽然一度受到康熙历狱的打击，不过随着康熙帝开始亲政后，翻案成功重新执掌钦天监来继续传教，康熙帝对于天文历算、火炮之学很有兴趣，曾叫传教士徐日昇、白晋等人轮流进宫。并以他们担任通译及处理外交事务。如:徐日昇、张诚随索额图参加中俄尼布楚条约谈判，充当翻译和参谋。清朝对定居中原的西方传教士采取礼遇态度。其中，顺治帝特别倚重德国耶稣会士汤若望，并尊其为“玛法”(满语“爷爷”的意思)。在随后的一百多年前，钦天监皆由耶稣会士掌管。
耶稣会传教士对于中国原有的风俗习惯，抱持容忍态度。教徒祭天、祭祖、祭孔者盛行，虽然与教义互相冲突，但都以默忍。不过到了17世纪末至18世纪初，天主教内部发生“礼仪之争”。依照道明会传教士的指控，罗马教宗下令禁止的传教士使用耶稣会的中文词汇“天”和“上帝”来称呼天主，也禁止中国信徒祭拜祖先与孔子。这与当初意大利传教士利玛窦以及其后的传教士在中国传教时所采取的本土化政策截然相反。清政府对此十分不满，认为这样做有违中国敬孔祭祖的传统。康熙帝于1700年批示说:“敬孔敬祖为敬爱先人和先师的表示，并非宗教迷信”。
双方争持不下，最后清廷下令必须遵循“利玛窦规矩”传教，不然就不准传教，逐出中国，是为“禁教令”。1722年，雍正帝彻底推行禁教令，使得清朝初年西方基督教在中国传教被终止，到了道光帝时，连钦天监也不任用传教士。不过清朝皇帝对于教禁并没有彻底禁止，嘉庆年间(1807年)，新教教士英国人马礼逊，曾藉工作之便私下在广州进行传教的工作。
鸦片战争后，清廷虽并未正式撤销禁令，但基督教的传教自由已经由不平等条约获得确认，于是欧美各地的基督教教士在西方列强的庇护下进行宗教活动，基督宗教传播更为迅速。除了传教之外，设立医院和学校，对于中国文化和社会的演进，发生巨大的影响。不过有些西方传教士拥有种族优越感，以争议手法传教，如不理会传统社会阶级之分、强占土地(强行索回雍正禁教时遭没收的土地房产)、袒护教徒干涉司法审判、下令教徒不得分摊并参与地方集体祭祀活动、直接要求北京政府撤换省级官员，甚至一些犯罪之人也借由信教取得司法保护，引起中国人的反感，因此民教冲突不断;加上民间以讹传讹的负面谣传，最终导致许多民众则愤而纷纷起来焚烧教堂，驱逐或甚至*害传教士，收回被侵占的土地财物。从1856年至1889年先后发生的教案多达三百多起，著名的有1870年的天津教案，1900年的义和团之乱期间，有数万民中西方传教士与基督教信徒惨遭*害。
以铜为镜，可以正衣冠；
以古为镜，可以知兴替；
以人为镜，可以明得失。
《旧唐书·魏征传》
