魔女琪琪作为一名十三岁少女，在一个天朗气清的日子踏上自己的历练征途。作为魔女，每个人都要在十三岁那年离开家，独自寻找一个属于自己的城市。琪琪的愿望，是找到一个有海的城市。
这个愿望很好实现，在经历了几天的飞行之后，琪琪就来到了自己的城市。这个城市很大，一眼望不到尽头。这个城市也很能满足自己的幻想，周围环绕着海洋。一切都是自己预想中的样子，但是初来乍到的琪琪却没有感觉到很快乐。因为在这里，她找不到归属感。除了刚刚进入城市时候的那个鼓楼上的爷爷，这个城市的人似乎对魔女并没有什么概念。更有甚者，似乎还对她充满了不善的意味。以为她初入人世不懂的大城市的规则，刚来就被人以乱飞破坏交通秩序为由教训了一顿。如果不是她跑得快，搞不好她还要拘留或者罚钱。这些也就罢了，关键是她根本找不到可以落脚的地方。如果不是因缘巧合之下帮了面包店的老板娘一个忙 恐怕她的历练还没有开始就要结束了。
作为魔女她又没有别的技能，唯一能做的大概就是用自己的飞行去送宅急便了。可是创业之初总是有些苦难的，入不敷出的她差点养不起黑猫吉吉。好不容易事业有了起步，她在这个城市也有了熟悉的人脉关系，那个过生日的老奶奶的孙女却又让琪琪的内心产生了动摇。她送宅急便是为了更好的帮助互相需要的人进行联系，往大了说，她做这些是因为想看到收到包裹与寄包裹的人欣喜的笑容。可是那个过生日的孙女却不是这样的。老奶奶为了给孙女准备烤鱼忙了一个下午，而孙女在见到烤鱼的时候并没有感到幸福或者感恩，相反，她是一脸的不耐烦的厌恶。这不是琪琪想看到的场景 换句话说不是老奶奶的付出应该得到的态度。
带着这样的心情琪琪生了病，连蜻蜓的邀约也来不及去。更要命的是，她先是听不懂黑猫吉吉的说话，到最后竟然干脆丢失了魔法。失去了飞行魔法的魔女还能称之为魔女吗？她是为了证明自己才离开家，如今梦想没了魔法也没了，她就连想回家都成了奢望。
琪琪开始重新练习魔法，可是即便她知道所有练习魔法的诀窍，她却依然飞不起来。吉吉去跟隔壁的小白猫恋爱了，苦恼的琪琪只能一个人郁闷。她为什么会丢失了魔法？或许琪琪本人不知道，但是坐在屏幕前的我们是清除的。因为她丢失了自己的初心，对自己产生了怀疑。一个对自己本身都抱有怀疑的魔女 又怎么能去要求自己的魔法一如既往的稳固呢？幸好，琪琪还是一个善良的女孩，还是一个把朋友性命看的比自己重要的人，所以在蜻蜓遇险之后，她才能义无反顾的飞上天。在一次次失败的边缘不屈的试探，最终找回初心救回朋友，也找回自己的魔法。
