区别在于里面的故事情节和主人公姓名都不相同，是两个不一样的剧情。
《万界仙踪》是改编于踏雪动漫的同名漫画《万界仙踪》。主人公是叶星云，叶星云本是大商国仅存的皇子，为报宗族被灭之仇，叶星云踏上了复国之路的故事。
而《万界神主》是动画《万界神主》改编自踏雪动漫艾鲁猫著作的同名漫画和《万界仙踪》不是一个系列，讲述的是身为古神的叶辰从神境世界陨落到了苍蓝世界，这里百州千国林立，豪强争霸，叶辰在这个苍蓝世界呆了数百年，建立了庞大的势力。
没有什么区别，都是若鸿文化出品的，唯一的区别就是一个是修仙，另一个就是从神成为坠落的神的区别
