17世纪早期，莫希干人最初定居於新英格兰，与佩科特人(Pequot)同在佩科特首领萨萨库斯(Sassacus)领导之下，后来副首领温卡斯(Uncas)领导一次起义，莫希干人才获独立。1637年，佩科特人在对英战争中惨败，多数幸存者投奔莫希干人，其土地亦为莫希干人所有。温卡斯与英人结盟，其地位乃得巩固。后来白人居民点逐渐取代了莫希干人居住区，使其人口大减。
在历史长河之中，莫西干人几乎被灭绝，期间发生了3次重大事件
1.公元1500年，欧洲探险部队发现了通往美洲的航线，一通烧*抢掠。当时生活在美洲大陆上的印第安人对起进行反抗，牺牲了一大部分人。
2.17世纪美国获得独立战争，实施了对美国原著居民印第安人的灭绝政策，并将他们赶出了祖地。
3.16-19世纪发生了印第安人大屠*，当时西班牙葡萄牙英美等国对印第安人的文化与种族采用灭绝政策，他们逐渐被边缘化。
