《蜘蛛侠纵横宇宙》延续前作，创造了一个更宏大的世界观，呈现了更多蜘蛛侠的形象，给观众带来了更强的视觉冲击。下面，我们开始这个神奇的故事。
在格温的父亲追捕秃鹰的时候，格温也穿着蜘蛛战衣赶到了现场。为了避免父亲和其他警察受到伤害，格温用蛛网将他们绑了起来。接着，她冲入烟雾中，却被秃鹰从背后袭击。秃鹰告诉格温，他来自文艺复兴时期。格温惊讶地发现，秃鹰似乎不是这个世界的生物。
秃鹰告诉格温，是她将他带到了这里。两人扭打在一起，格温被秃鹰抓住了。生死关头，一个神秘人出现了。这个神秘人叫米格尔，为了防止多元宇宙的崩塌，他组建了蜘蛛军团。米格尔还拥有一个可以随意穿梭多元宇宙的手环。
接下来，三人开始了一场混战。由于要保护平民，两人渐渐处于下风。幸好，米格尔的后院里有另一只女蜘蛛赶到，局势得以扭转，秃鹰也被制服了。格文的父亲发现，他一直在追捕的女蜘蛛侠就是自己的女儿格文。格文想向他的父亲解释，但他父亲不听，仍然要逮捕她。无奈之下，格文只能和米格尔离开。
在迈尔斯的平行宇宙1610号宇宙布鲁克林区，一个滑稽的小偷正在一家超市进行盗窃。小偷身上长满了奶白色的斑点，他似乎有穿越时空的能力，但显然还没有掌握这种能力。此时，迈尔斯正好路过，他三下五除二就制服了小偷，但他似乎低估了这个小偷的能力。
迈尔斯去上学后不久，小偷逃走了。察觉到这一点的迈尔斯立刻追了出去。两人再次扭打在一起，小偷带迈尔斯穿越到了上次与京决战的实验室。小偷告诉迈尔斯，他的真实身份是一名物理学家。正是他利用对撞机，从42号宇宙带回了一只变异蜘蛛，才让迈尔斯变成了蜘蛛侠。
在与金并的决战中，迈尔斯炸毁了实验室。当时，物理学家也在实验室里，爆炸的能量让暗物质进入了他体内，让他变成了现在的样子。因此，他现在对迈尔斯怀恨在心。
由于还没有完全掌控这股能量，物理学家一脚把自己踢进了暗物质世界。在那里，他发现了其中的秘密，并彻底掌控了这股能量。而此时，迈尔斯还没有意识到事情的严重性。回到家后，迈尔斯和父母发生了争吵，父母觉得他在外面学坏了，而迈尔斯不敢告诉他们真相。最终，迈尔斯被父母禁足。
回到房间后，迈尔斯想起了格温，他很想念她。他画了很多格温的画像，表达他的思念之情。突然间，他睁开了眼睛，看到了他心心念念的人，格文开心地抱住了迈尔斯，她也很想念他。他们在城市的高楼大厦间穿行，格文向他讲述了这段时间的经历，包括蜘蛛军团和夕阳下两人依偎在一起的情景。迈尔斯对格文的感情也越来越深厚。
