受时代科学环境和条件的制约，进化论存在某些认识的局限和缺陷，主要有以下方面：
1·达尔文进化论着重研究生物个体的进化，今天现代进化论的观点认为进化的基本单位是种群。
2·达尔文对遗传变异的本质以及遗传变异如何作用、影响进化，无法做出阐述(当时尚未出现遗传学这一学科)。 现代遗传学的科学理论给出了清晰的解释，认为进化是种群有利的基因突变逐代积累，不利的基因逐代被淘汰。
3·达尔文的进化论认为，进化的实质是自然选择、适者生存。今天明确了进化的实质是种群基因频率的定向改变。提供进化原材料的突变是不定向的，而自然选择是定向的。
4·达尔文对物种的形成无法阐述清楚，现代认为，突变、基因*、自然选择、隔离是物种形成的基本环节，生殖隔离是新物种形成的必要条件。
达尔文的进化论产生于19世纪，学术超前于时代，第一次对整个生物界的发生发展做出了唯物的、规律性的解释。科学从来是有继承才能有发展，进化论为后人对生物科学的探索和研究做了坚实的奠基。
生命世界进化的形式是多彩多姿的，形成生命进化的机制也是多种多样的。
进化不仅有达尔文提出的渐进，还有跃进；不仅有达尔文提出的渐灭，还有绝灭；不仅有达尔文提出的小进化、前进性进化、线性进化，还有大进化和分枝性进化、平行性进化、停滞性进化 、非线性进化等；不仅有达尔文提出的种的进化，还有种群、群落和生态系的进化。
生物之间不仅存在有达尔文提出的生存竞争关系，还存在着协同生存、共同进化的关系；决定生物进化的原因，不仅有达尔文提出的自然选择学说，还有分子进化中性学说等。我们再也不能局限于达尔文的进化论学说，而应以更加广阔的视野、更新的科学哲学观点来理解生命、观察世界。
亦应以辩证唯物主义观点，并综合已有的揭示生命进化的达尔文主义、间断平衡论 、新灾变论、突变论、大进化学说、协同进化论、分子进化中性学说等各种理论，去构建新的进化论。
