在平田宅邸的悲剧落幕三年来，苇名弦一郎因畏惧狼的力量，选择将他投入城中一座废弃的深井中。记忆流失，狼已不复昔日锐气，他误以为年轻的九郎命丧黄泉，斗志尽失，在狭小的牢笼里度日如年。
直至永真送来九郎的信
三年追逐未果，苇名弦一郎对不死之力的渴望从未熄灭。九郎坚决的拒绝仅使他转向新的实验—变若水的秘密。观察着一切，苇名一心无法袖手旁观。当弦一郎对龙胤之力的执迷达到巅峰，一心秘密派遣永真药师，协助狼救出九郎，确保那禁忌的力量不沾污苇名土地。
并行的是，苇名一心伪装成天狗，暗中肃清城中的敌国密探与孤影众十七兄弟。 “只狼”之名，不仅是他对狼的称谓，也映射出他对旧日战友只猿的回忆。
另一方面，在苇名城的幽暗地牢中，道具师道玄的门徒，道顺，被龙胤的魅力所迷惑。他潜伏于黑暗之中，进行着一项令人毛骨悚然的研究——利用囚犯作为试验品，制造名为“变若水”的神秘药剂。在这个扭曲的过程中，道顺甚至要求狼替他搜集“壮丁”——不幸落入他手中的NPC，无一例外，要么命丧黄泉，要么陷入疯狂。
在一心的秘密支持下，狼克服重重困难，终于战胜了苇名弦一郎，成功解救了九郎。但弦一郎，为了国家不惜一切，已经饮下神秘的变若水，从死亡中复苏，并留下“愿放弃为人”的狂言，随后消失无踪。
巴流屑一郎
同时，为了摆脱永恒的束缚，九郎求助于狼，希望共同追求解除龙胤之力的关键。这一力量的唯一解药，是仙乡中樱龙珍贵的泪水。然而，进入这片神秘之地，必须拥有源之香——一种由独特原料制成的圣物。而源之香的香材包括：
1、位于源之宫源之水流尾流处（狮子猿饮水处）的馨香水莲（狮子猿为了讨另一半欢心而悉心照料的莲花）
即使体内被“虫”寄生，狮子猿仍守护者水莲
2、供奉于水生村石轿前的结宿之石
3、曾经生长在苇名的巨大樱树的枝条（樱树早已不在，其枝条被想独占龙胤的义父于多年前折走）
4、龙胤之子九郎的血液（只有不死斩才能使龙胤之子流血）
只狼拔出不死斩
---------------------------------------------------------
在探索源之香的原料之旅中，狼于仙峰寺意外获得《永旅经 龙之还乡》这部神秘文献。正是这份典籍指引了狼及变若之子启程向西方的龙之故乡进发，肩负起归还龙胤的重任。
变若之子决意化身为“摇篮”，带着转世的九郎踏上归途。为此，她需摄入两个“蛇柿”——由狼从两条巨蟒处得到的新鲜与风干蛇心脏。服下后，变若之子留下珍贵的“冰泪”，使得九郎得以通过融合樱龙之泪和这冰泪，重生为她腹中的婴儿，随她一同前往西方，完成龙胤的归宿——这是通往“龙之返乡”的结局。
在狼追寻神秘源之香的旅途中，九郎偶然间翻阅到了前代龙胤之子丈的遗留笔记。在资源匮乏的时代，丈所知的不过是不死斩有能力斩断龙胤血脉的事实。怀有同样对龙胤的憎恨之情，九郎也默默立下了决断：一旦自己饮下龙泪，就让自己成为狼持不死斩刀下的亡魂。这样的牺牲意味着狼将在斩*九郎之后，失去斗志，继承只猿的位置，化身为一位新的佛雕师，静待那些渴求力量之人的再度出现——这是通往“断绝不死”的结局。
上任龙胤之子丈的研究
与此同时，如果玩家扮演的狼角色一旦偶听九郎渴望摆脱不死命运的低语，便开启了一个决定性的转折点。此时，向药师永真求助成为关键一步。永真将透露一项重大发现：结合龙泪与常樱之花，有可能斩断九郎与龙胤血统之间的神秘纽带。
要完成这一过程，玩家需利用义父留下的守护铃，穿越时空回到过去，亲手结束义父的生命，从而获得必需的物品。随后，狼必须做出牺牲，使用不死斩自尽，彻底切断九郎与不朽之力的联系，让他重获凡人身份。
若玩家选择这条道路，随着狼的牺牲，九郎将回归常人生活。受到狼的精神激励，他踏上旅途，以普通人的身份探索这个广阔的世界，开启他全新的人生篇章——这是通往“复归常人”的结局。
在收集了所有必需的素材，唯独缺少常樱枝条后，狼重返苇名城，寻求九郎永真的指引以获得这最后的宝物。
随着弦一郎神秘失踪和苇名一心健康衰败，义父枭认定时机已至，率领忍军突袭了苇名城。枭直逼九郎，迫使他交出龙胤之力。当狼前来营救时，枭却企图诱使这位养子继续效忠于他。若狼在此选择背叛九郎，他将屠戮永真和苇名一心，最终刺*枭，并沉沦为*戮的化身——修罗，将苇名城拖入一片恐怖的深渊——这是通往“修罗”的结局。
---------------------------------------------------------
以下为“龙之还乡”的结局：
当义父“枭”命令与守护九郎的忍者戒律发生冲突，他毅然站向了守护九郎，与养育他的义父“枭”展开了生死较量。最终，狼不仅以自己的双手结束了义父的生命，还从其遗体上发现了至关重要的宝物——常樱香木，这是制作传说中的源之香的最后一块拼图。
父子反目
借助馨香水莲、结宿之石、珍贵的常樱香木以及九郎的血，狼终于调制出了神秘而强大的源之香。在被香气环绕的瞬间，他被引领至一条通往源之宫的神秘路径。这条路径引导他到达了水生村的边界，那里隐藏着通向源之宫的入口——乘轿石洞。在那里，一位由封印之绳连绳编织而成的巨人将他带往了源之宫的秘境。
在源之宫中，狼经历了一系列艰难的挑战。它不断战胜各种对手，最终来到了宫殿的最高处——一座古老的祭坛。在那里，狼成功地击败了传说中的樱龙，获得了宝贵的龙泪。
可怜的樱龙被强制取泪
在源之宫的征途中，狼获悉苇名一心病逝的消息。此一悲剧让苇名城失去了最后的防线，迅速沦为內府军的战果。而九郎，则在混乱之际逃至秘密通道，静候狼的返回。
不料，曾是寺庙隐者的只猿，心怀仇恨再度踏入战火，化身为嗟怨之鬼，在战场上失去理智，对所有人展开残忍攻击。
狼与永真告别，毅然赴战场终结了嗟怨之鬼的暴行，为只猿带来了宁静。
在密道中，狼与九郎再度面临苇名弦一郎的挑战。弦一郎手握着传说中的另一把不死斩（开门），这把神秘的利刃拥有逆转死亡、唤醒亡者的力量。在绝望的边缘，他不惜以自我牺牲为代价，唤起了剑圣苇名一心，恢复了其昔日的辉煌。
或许是外孙弦一郎的决心激发了他的斗志，亦或他渴望与敬仰的对手一决胜负，苇名一心与只狼展开了一场生死较量。这场战斗，不仅是力量的对抗，更是意志的较量。最终，苇名一心败下阵来，但他的心志得以实现，从那无尽的不死轮回中解脱，找到了属于自己的宁静。
全盛时期的一心
昏迷不醒的九郎服下了传说中的龙泪和冰泪，这两颗珠子不仅唤醒了他的生命，还让他以一个全新的身份重生——变若子腹中的婴儿。这个转变不仅是身体上的，也是精神上的重生。 狼与变若之子并肩，开始了一段归还龙胤的西行之旅。这是一段寻找归属，归还与重生的旅程。
龙之返乡
