个人感觉，两者的根本差异在于所卖商品的归属。分析如下：
百货商店的主人本质上是个出租铺面的，他拥有的只是地面(铺面)，里边所卖的货品并不属于百货商店的主人。百货商店里边有很多租了它的铺面的“小店主”，他们合起来形成了一个百货商店，卖货盈利也归这些小店主，百货商店的主人只依靠收取铺面租金获利。
而超市不是这样，它本身就是一个单独的店，里边的商品的归属超市主人。因此，商品所卖获利自然属于超市主人。从某种意义上，也可以说，超市类似一种放大了的、管理更规范的百货商店里的小店主。
另外，超市里边商品的价格事前固定，一般不能讲价，顾客自选后付款，类似自助餐的性质。而百货商店里边，顾客和里边的店主们往往可以讲价。
