EVA1。
遥远的宇宙中孕育了一棵生命之树，生命之树分化为两极，一个是白之月亚当，另一个是黑之月莉莉丝。之后生命之树瓦解，根须化为了朗基姆斯之枪。
在46亿年前亚当率先到达地球，从中孕育出了使徒。使徒的目的则是回归亚当完成进化，实现生命超越。使徒间的关系表示各位在出生前与那几亿兄弟的关系，谁能最快断线谁就能成功进化。因此使徒间是竞争关系，不存在联手的可能。
在此之后又一年莉莉丝也撞击了地球。第一次冲击这次撞击改变了地球的环境形态，使得亚当与使徒们进入休眠，同时莉莉丝的体液LCL融入大海，形成了生命之海，人类与万物从中孕育。所以本质上讲，人类与使徒同源于生命之树。不过使徒有着强大的肉体力量与精神力量，灵魂独立。肉体力量的动力来源被称为S2激光，精神力量则被称为at。
立场是维持形态保持独立的根本，人类由于精神力量弱小，因此分散成无数个体彼此联系。公元1947年，人类发现了死海文书与揽吉鲁斯之枪。文书预言了21世纪的约束之日，即世间生命毁灭，回归生命之海。亚当与莉莉丝轮回进化，在死海文书的基础上，出现了一个宗教叫SEELE。SEELE逐渐发展，影响甚广，他的首领为基路驿。
延长心里想遵循死海文书的指示，让人类毁灭而成为神。由于目前人类心灵已被污染，因此需要重新来过，既让人类回归生命之海，消除人类心灵的束缚与罪孽，进而与莉莉丝融合实现人类补完，成为永生的神。
人类补完的条件是，让亚当莉莉丝揽吉鲁斯之枪融合，这里的亚当和莉莉丝也可以用复制品替代，再由使徒级别的生物进行救赎仪式，从而实现人类补完。
因此西里制定了两个分计划：第一个为亚当计划将亚当还原为胚胎，以此制作亚当与莉莉丝的复制品eva，从而用eva使徒作战保卫人类。同时封印亚当的黑心，也可以防止使徒找到亚当。因为如果使徒找到亚当进行回归，那么使徒本身就会完成进化，引发第三次冲击，那会消灭全部人类和其他使徒。人类古玩也就化为泡影。
不过亚当计划的本质是制作亚当与莉莉丝的复制品。
·第二个计划是e计划通过制造使徒级别的量产机用以完成救赎仪式。为了执行两个计划，二零零零年SEELE和联合国派出考察队前往南极，找到亚当人员，碇源堂率先获得资料返回日本。但是之后葛城博士将亚当还原为胚胎时，亚当意外苏醒爆炸，只有葛城博士的女儿葛城里美幸存。这次冲击史称第二次冲击，沉睡的使徒因此苏醒，地球的形态也发生改变，无数人丧失生命。
二零零三年SEELE为了亚当计划设立了人工生物研究所，碇源堂任所长其妻子，碇唯作为项目负责人，碇唯的研究生导师冬月也加入研究所。研究所研发了Eva，其中初号机是由莉莉丝复制，其他的都是由亚当复制。
不过碇唯内星却不赞同人类补完计划，为他希望他的孩子，碇真嗣能够健康快乐的成长。在一次EVA试验中，他的灵魂主动与初号机融合，肉体以量子形式存活于插入栓中。而这件事只有冬月知晓。妻子死后，碇源堂意外的悲伤，他决定背叛SEELE寻找定为的灵魂，两人永远在一起。因此他表面上执行人类补完计划，其真实目的是想让自己与亚当和莉莉丝融合成为神，他认为成为神后就能寻找到碇唯的灵魂，永远相伴。
为了计划他用莉莉丝的细胞与碇唯的DNA融合，制作了克隆人绫波丽，绫波丽成为了绫波丽的驾驶员，第一适合者。接着碇源堂他利用赤木直子研发超级计算机锥窄，并用计让其自*。之后SEELE解散了研究所，并成立了特务机构Nerv，碇源堂任职司令，东岳为副司令。可称碇源堂作为战斗负责，直子的女儿赤木律子则是首席技术官，随SEELE将莉莉丝移到总部，并对外宣称为亚当。
其实真正的亚当已被还原为胚胎状态，并被藏匿，这件事情SEELE也不知晓。故事就在这样的背景下缓缓展开。
