心灵终结3.3.6战役的游戏顺序为先苏军战役，后盟军、厄普西隆和焚风战役。
具体来说，时间线上苏军战役23关、24关最早发生，而最后苏军收复了莫斯科并且*死了尤里。之后是盟军的第23关逆流而上，任务结束后盟军包围了心灵终结仪。而之后则是厄普西隆第23关，现实与真实，天秤*死了友川纪夫并且前往南极极点。接下来则是盟军24关罪与罚、厄普西隆24关通天之塔、焚风第五关、天涯海角同时进行，结果是厄普西隆取得了胜利，盟军悖论引擎被摧毁，而焚风解放了希望角后悖论引擎传送到希望角。时间线上最后一个战役是焚风第六关传承者，最后焚风阵营启动了悖论引擎的时间屏障最终生存了下来。
