区别在于所代表的方位不同。四大神兽是人们对青龙、白虎、朱雀、玄武的叫法，实际不是神兽，而是神明，在古代又叫做四象。四兽融入了五行和方位，东方青（龙）色为木，西方白（虎）色为金，南方（朱雀）赤色为火，北方（玄武）黑色为水。中央黄色为土。
1.
首先就是两个版本的神兽不一样,宝可梦朱是故勒顿,宝可梦紫是密勒顿。
2.
游戏中的NPC也是不同的,宝可梦朱中登场的博士是奥琳(女),宝可梦紫登场的博士是弗图(男)。
3.
版本限定的精灵也不同,宝可梦朱的限定精灵是:幼基拉斯、沙基拉斯、班基拉斯、巨石丁、红莲铠骑、故勒顿。 宝可梦紫的限定精灵是:宝贝龙、甲壳龙、暴飞龙、冰砌鹅、苍炎刃鬼、密勒顿。
4.
游戏中的建筑颜色大致也是分为红色和紫色。
