移动迷宫3的之前剧情主要讲述的是地球爆发了闪焰症，导致大部分人类受到感染成为没有思想的丧尸怪物，直到全球也只剩下了一座城市。科学家和军方狼狈为奸，建立了高耸围墙圈住唯一的城市抵挡住被病毒感染的丧尸，却也抵挡被隔离在外的其他幸存者。
期间科学家们一直在试图研制疫苗。结尾是末日实验室的人抓走了这群曾被关在迷宫后来脱困的幸存者里的米诺，准备对他进行残忍的人体试验，抽取出免疫病毒的血清。
故事男主角托马斯对米诺一向重情重义，不能眼睁睁看着同伴死在他们手上。于是带着几个队友特意埋伏在末日实验室组织的列车周围，在和队友完美配合下抢了一架飞机，并救走了整整一车厢刚刚被俘获的新实验对象。
但是托马斯想要找的人并不在里面，原来米诺在另一截车厢，已被带到如今仅存的唯一城市中。随着病毒在空气中不断传播，地球上的幸存者愈来愈少，实验室意识到必须要尽快从具有免疫病毒能力的人身上提取出来基因，否则连他们自己都存活不下去。
托马斯前女友布兰达从上一部就背叛了托马斯，随后到实验室研发病毒解药。虽然她背叛了托马斯和其他队友，但从末日人类的存亡角度来看，是一直都在为解决病毒危机做努力。
另一边的托马斯，他和队友们追寻来到了米诺被关押的城市，混在难民里头试图进去城里面救人，然而军方死死守着城门，就是不放任何一个人进去，甚至还开启城墙上的自动炮塔疯狂攻击难民，难民们四处逃窜。
没多久托马斯一行人在难民首领这里意外见到了昔日的伙伴加里，虽然以前他们俩的关系一度糟糕，但在末日还能相见对托马斯来说是一件高兴事儿。加里得知米诺被抓就要和托马斯一起营救，带他找到末日反抗军领袖劳伦斯帮忙，劳伦斯一听他们要混进城市里救人，爽快达成合作，唯一的要求就是瘫痪军方的系统，这样自己就可以率领难民们攻占城市。
于是托马斯一行人通过劳伦斯提供的密道进入了城市里，然而想要进入末日实验室不是一件容易的事，这时他们通过望远镜发现了在实验室里做研究的布兰达，一致觉得通过她为突破口是唯一的办法。
于是在她下班的时候绑走了布兰达，并让她拆除了他们曾经被迫植入颈部的芯片，在挟持布兰达的过程中伪装成特警顺利混进了实验室总部，然而进去后却被军方负责人詹森给识破，展开了一阵交火，最终毫发无损的击败了特警们，也成功瘫痪了系统，不但救出同伴米诺，还顺手解救了一车的免疫者。
就在这时，劳伦斯发现城墙上的炮塔已经瘫痪，便登上自爆车前往城门炸开来。城外的难民们趁机一拥而入，城市被攻占得一片兵荒马乱，托马斯见状只能带着队友在战火里艰难逃命。没想到曾经跟托马斯出生入死的朋友纽特因为病毒感染逐渐加重，很快就要变成丧尸，于是米诺和加里跑出去找血清救纽特。
与此同时，布兰达通过广播呼唤托马斯回来，原来她通过研究终于发现托马斯的血液正是解药，只要我们合作，不但可以救下你的朋友，也能拯救全世界。然而纽特的病毒发作速度实在太快，在留有最后一丝人性时*死了自己。
托马斯来不及过多悲伤，赶忙来到实验室总部，却遇到了前部的热衷人体试验的女博士，女博士看着托马斯能够拯救全人类，正打算改邪归正不再做那些残忍的人体试验，结果詹森在背后开了暗枪并挟持托马斯。
原来他想要通过托马斯的血液变成自己的财产，一旦掌握疫苗来源，就意味着掌握这世界的生*大权。布兰达不想再助纣为虐就打晕了准备使用疫苗的詹森，托马斯也趁机逃出来并打碎关押丧尸的隔离房玻璃，很快丧尸们冲出来对詹森撕咬了下去。
托马斯和布兰达两人赶忙爬到楼顶，发现这座城市的战火愈来愈激烈，眼看大楼快要倒塌，千钧一发之际，队员们驾驶飞机及时赶来救援，最终托马斯成功登上了飞机，而布兰达没有获救，跟着倒塌的大楼一起坠向了地面。
影片的最后，队友们带着昏迷的托马斯找到了一处世外桃源，他一醒来发现人们已经建立起新家园，到了晚上，他们在纪念碑上刻下每一位牺牲者的名字，正是因为这些曾鲜活的生命通过付出巨大代价而换来幸存者难得的太平，托马斯打开了纽特写给他的信，上面写了一段话：是要在你遇到困境时，低谷时，还能站在那你身边支持你的，方才是真正的好朋友。
影片的开始是围绕托马斯带他的伙伴们去实验室营救米诺而展开，多少有一点生化危机的感觉，尤其是与丧尸对抗的场景。实验室为了研究血清抓无辜的人进行试验，而米诺就是他们的重要试验品，到最后却发现托马斯才是最关键的一环，因为他是免疫者，所以他的血是研究血清的关键。
在结尾处他的朋友纽特因为感染恶化不受控制，怕伤害到兄弟而自*了。或许对托马斯来说，明明说好一起来救米诺，而纽特在最后还是牺牲了。再一个托马斯的前女友布兰达，与其说她背叛过朋友,其实真相应该是她一直想要研究出血清，拯救全人类。
于是这种执念让她在实验室留下来，一直做各种尝试，最后她的结局没有跟托马斯一起离开这里，而是选择了和实验室一起灭亡。不管是剧情还是打斗方面，还算是一部优秀的电影。
