目前，前来南澳海域寻食栖食、滋生繁衍的国家一级重点保护野生动物已有中华白海豚、鹦鹉螺、红珊瑚、短尾信天翁、白腹军舰鸟、白尾海雕等7种；国家二级重点保护野生动物有蓝鲸、海豹、海豚、海龟、黄唇鱼、克氏海马鱼、文昌鱼、鲣鸟、黄嘴白鹭等近50种；万鸟云集、繁殖的岛屿已达7个。去年以来，大群体聚集的珍稀动物更是在南澳海域留下一个个异彩缤纷的动人镜头：素有“海上大熊猫”之称的中华白海豚成群结队地进入内湾腹地、出海口水域，甚至30多条形成大群体，于长山尾码头外嬉戏达20分钟之久；被视为“珍禽异兽”的世界幸存的7种海龟，在这里已发现了绿海龟、棱皮龟、玳瑁、太平洋丽龟、鸟龟（俗名）等6种
南澳岛角蟾（学名：Xenophrys insularis），身体粗壮，雄蟾36.8–41.2 mm，雌蟾47.1 mm；头宽略大于头长；吻背面观圆钝；犁骨棱强具犁骨齿；舌后端微缺刻；后肢短，左右跟部不相遇，后肢前伸贴体时胫跗关节达鼓膜后缘；趾指侧无缘膜；趾基部具蹼迹；背部皮肤粗糙，体侧散布多个大的痣粒，有的痣粒相连形成短的肤棱，上眼睑外缘角状突起不明显；颞褶窄，在肩部上方形成一膨大肩腺；背部灰褐色或深橄榄色，眼间有一不完整的三角形斑，四肢背部有深褐色横纹；雄性具单个声囊，繁殖季节分别在第一、二指上有深褐色婚刺。
