西晋末年，慕容鲜卑族逐渐崛起。352年慕容俊称帝，建立前燕，由此拉开一系列由慕容氏建立的燕政权的序幕。前燕建立后没多久，前秦在关中崛起，370年前秦苻坚带兵灭亡了前燕，将其宗室王族西迁至关中，大量慕容氏王族进入前秦任职。虽然国亡了，但慕容氏人一直不忘兴复燕国，暗暗做了许多工作。
淝水之战后，前秦境内的前燕宗室纷纷起兵反叛。前燕济北王慕容泓建立了西燕；慕容垂，则建立了后燕。394年，后燕攻灭了西燕，北方又统一为一个燕国。
或许是命中注定，这个燕国跟前燕一样短命。397年，拓跋鲜卑建立的北魏对后燕发起了猛烈进攻，后燕大败。皇室主力逃到了东北地区，建立北燕。宗室慕容德带领一部分残余势力，攻取青兖之地，入据广固（今山东青州西北），建立了南燕。
当年前秦灭前燕时，俘虏了慕容德的哥哥慕容纳，将他任命为广武太守。几年后，慕容纳辞去官职，在甘肃张掖隐居。
383年符坚南征东晋，慕容垂、慕容德等人带兵随其南征。大军出发时，慕容德即准备趁机起兵，想到今后可能会兵荒马乱，为方便以后至今相认，他就把自己随身携带的一把金刀，留给了母亲公孙氏，叮嘱她以后如有后人在世，若慕容氏复燕大业成功，可令后人持此金刀前来相认。
前秦淝水兵败后，慕容垂等人随即反叛复国，建立后燕。苻坚对慕容垂的背叛异常愤怒，就命张掖太守苻昌把慕容纳和慕容德留在张掖的子孙后代全都抓捕*掉。公孙氏因年老、慕容纳的妻子段氏因正在*，都得免一死，被囚禁在监狱里。管理监狱的掾吏呼延平，原是慕容德手下的小吏，曾经犯过死罪，但慕容德赦免了他。为报答慕容德的救命之恩，呼延平就将公孙氏和段氏从监狱里放了出来，并带着她们逃到了羌人居住之地，段氏生下了一个儿子取名慕容超。
慕容超十岁时，祖母公孙氏去世。她临终前把慕容德留下的金刀交给慕容超，告诉他：“若天下太平，汝得东归，可以此刀还汝叔也。”此后，呼延平又带着慕容超母子投奔了后凉国主吕光。
403年，后秦攻灭了后凉，从后秦首都姑藏迁了一万多户来到长安，慕容超母子也被迁到长安。后来慕容超就娶了呼延平的女儿为妻。
到长安后，慕容超听说了叔父慕容德已在山东建立了燕国。但后秦与南燕是竞争关系，他担心因此而受到诛连，于是就装疯卖傻，在街上乞讨。很多人都信以为真，认为他是个傻子。但当时姚兴的叔父姚绍看出来慕容超是装出来的，就劝姚兴留住他。姚兴召见慕容超后，觉得慕容超不是装傻，应该是真傻，就对姚绍说：“看慕容超的质材，妍皮不裹痴骨这句俗话，真是一句荒诞话。”于是就不再专门派人监视慕容超。
不久，南燕的慕容德也派人来到关中寻亲，很快找到了慕容超。接上头以后，慕容超没跟母亲、妻子告别就直接跟南燕的人东归了。到达广固，慕容超见到了慕容德，他拿出了金刀，复述了祖母临终时的遗言。慕容德抚摸着金刀，痛哭流涕。
慕容德没有儿子，而慕容超身长八尺，腰带九围，精彩秀发，容止可观，长得异常英俊。慕容德很喜欢这个侄子，给他取名叫慕容超，封北海王。不久就将其立为太子。
405年，慕容德去世，21岁的慕容超当上了南燕皇帝。慕容超当上皇帝后，宠幸公孙五楼，疏远功勋故旧，根本不关心国家大事，只喜欢到处出游打猎，不恤政事，畋游是好，百姓苦之。不久南燕就发生了内乱，国力大损。
慕容超在南燕登基后，后秦立马将其母亲和老婆拘禁了起来，要求南燕称臣并将太乐歌舞伎人送来，或者送一千名东晋的俘虏，才还人。慕容超派韩范和张华去向姚兴求和，并送去太乐伎一百二十人。姚兴这才把慕容超的母亲和妻子给放了。
太乐伎送给后秦后，南燕的太乐人又不够了。慕容超就派大将斛谷提、公孙归率领骑兵入侵并攻陷东晋的宿豫，大肆俘虏东晋百姓，并从中选了二千五百名男女，交给太乐去教歌舞。他还派公孙归等人率领三千骑兵入侵济南，抓住济南太守赵元，抢掠了一千多男女。东晋不堪其扰，派刘裕率军讨伐南燕。
慕容超召见群臣，商讨抵抗晋军的对策。公孙五楼认为：“吴兵轻疾果决，利于战斗，刚开始的时候锋芒勇猛锐利，不能和他们较量。应该占据大岘，不让他们进来，和他们拖延时间，败坏他们的锐气。同时挑选二千名精锐骑兵，沿着海边向南前进，从背后突袭，切绝他们的粮草运输。另外命令段晖率领兖州的军队居高临下，沿着山坡向东边攻下来，在他们的腹背上猛击，这是上策。命令各地长官凭恃险阻固守，计算好要储存的物资之外，其余的全都烧掉，铲除地里的庄稼，让敌人没有供给。坚壁清野，等待时机，这是中策。把盗贼放进大岘，我们出城迎战，这是下策。”
从实际情况来看，这个战略分析做的非常好，如果被采纳，东晋将会很被动。但慕容超却不同意，他坚持要把敌人放进来，然后用精锐骑兵去攻打。大臣们苦苦规谏，慕容镇说：“如果像皇帝说的在平原上用战马打，那也应该出国家的关口大岘去迎战敌人，就算打不赢，还能退守。而不应该把敌人放进大岘，让敌人跑到自己家里来，自找窘境啊。当年成安君没有守住井陉关，终于被韩信降服；诸葛瞻不占据险隘之处，终于被邓艾擒获。臣下认为天时不如地利，固守大岘，这是上策。”慕容超固执己见，召集了莒、梁父两处的守兵，修筑城壕，简选兵马，养精蓄锐等待东晋大军的到来。
东晋军进入南燕境内后，势如破竹，很快就包围了南燕首都广固。慕容超派大将韩范向后秦求救。但此时的后秦，正被大夏不断攻击，内忧外患，自身岌岌可危，无力顾及南燕局势。
410年，东晋军攻入广固，活捉了慕容超，随后将其押送到了东晋首都建康（今江苏南京），在街头将其斩首，时年二十六岁，南燕灭亡。
慕容超只有26岁，其短短一生，却可谓是跌宕起伏、充满传奇色彩。从街头乞丐，东归后一夜间荣华富贵加身，成为一国之君。《晋书》评价他说“超继已成之基，居霸者之业，政刑莫恤，畋游是好，杜忠良而谗佞进，暗听受而勋戚离，先绪俄颓，家声莫振，陷宿豫而贻祸，启大岘而延敌，君臣就虏，宗庙为墟。迹其人谋，非不幸也。”
