农村户口大学毕业档案应该放在毕业学校的档案馆里。
因为根据《档案法》和《高等学校学生档案管理规定》，学校是毕业生档案的管理单位，应当负责档案的保管和管理工作，确保档案安全可靠、不被丢失。
而对于户口迁移或者工作单位等变化，毕业生应及时办理档案转移手续，确保档案及时足够被查询和使用。
农村户口大学毕业档案应当放在毕业学校归档管理部门。
因为毕业档案记录了学生的学习成绩、毕业证明和学历证书等重要信息，必须妥善保管和管理，以免丢失或遗失造成不必要的麻烦和损失。
此外，需要提醒的是，档案要随身携带复印件和电子版备份，以备不时之需。
