尼尔斯因为淘气经常捉弄家中的动物们，被小狐仙变成了小精灵，只有做够一百件好事才能恢复。
原本被尼尔斯欺负的动物们都不愿意帮助他，尼尔斯后悔极了。
这时，家鹅马丁准备个雁群一起去南方，尼尔斯抓住马丁的脖子被带上了天空，经过一路旅行，他改掉了坏毛病，学会了帮助别人，又重新变回了以前的样子。
主人公尼尔斯出生于瑞典南部的一个小农庄，他生性顽皮，不爱读书，喜欢各种恶作剧。有一天，他无意间冒犯了一个小精灵，小精灵一气之下把他变成了一个拇指大的小人儿。正当他惊异于自身变化的时候，家里的雄鹅莫顿感受到大雁的呼唤，想与大雁一起飞行。为了挽留莫顿，尼尔斯紧紧地搂住了他的脖子。不料，莫顿将他带上了天空。于是，尼尔斯骑在鹅背上，跟随大雁开始了他的旅行。
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在旅行中，尼尔斯和雄鹅、大雁阿卡等参加了鹤之舞表演大会，帮助了放鹅姑娘，从狐狸嘴里救下了大雁…… ..............................................
最后，他们飞往了威曼豪格——尼尔斯的家。在他的爸爸妈妈要*掉雄鹅莫顿和灰雁邓芬的时候，他不顾一切地捶打屋门，最终解救了邓芬和莫顿，因此自己也变回了原样，而且长得更高了。
