1、化学治理
化学防治蓝藻主要是通过喷施*藻剂或者絮凝剂，也可以选择性施肥抑制蓝藻爆发，喷施药剂时可以选择明矾、西玛津、生石灰、改性黏土等，施肥时选择氮磷含量较高的肥料。
2、物理治理
物理防治蓝藻则是通过人工打捞、更换池水以及清塘消毒等方法，人工打捞适合在面积较小的养殖塘使用，对于面积较大的池塘可以经常换水，同时对池塘进行消毒，能够有效的消灭蓝藻。
3、生物治理
生物防治蓝藻时，可以在池塘中养殖鲢鱼类，通过食用蓝藻来阻碍生长，也能通过改善水中的氮磷比例，调整藻类的结构，例如氮磷的比值超过5时，绿藻就能超过蓝藻，抑制蓝藻的繁殖。
4、综合防治
想要治理蓝藻单一的使用一种方法不能完全控制蓝藻，需要同时采用化学、物理和生物治理的方法，使蓝藻的处于低水平的状态，能够有效抑制生长和繁殖，既不会出现大量死亡皮怀水体，也能很好的防治。
一、人工清除
如果鱼塘里的蓝藻绿藻不多，可以采取人工的方式清除，一般用尼龙网将绿藻从塘中打捞出来就可以了，捞出后可以作为鸡鸭以及猪的饲料。
二、药物除藻
鱼塘中之所以会长出蓝藻绿藻，本质上还是由于水体太肥，塘中得氮磷钾元素太高，这种情况下可以药物进行治疗。通常用硫酸铜泡水或者用生石灰、漂白粉后兑水，每个月全塘泼洒一次，这样不仅可以消灭绿藻，还能消毒*菌。
三、养黑壳虾
对付绿藻，其实最好的选择是虾，虾类吃藻的能力很强，因此只要在鱼塘中套养黑壳虾，就可以解决爆藻的问题。需要注意的是，养虾一定不能和养鱼冲突，因为有的鱼会吃虾，有的虾会吃鱼卵，所以一定要确保二者能相处融洽。
四、定期清洗
大部分直立绿藻的办法只能管一时，虽然不可能让绿藻永远不爆发，但通过定期清洗，可以大大延缓爆藻的时间。一般春秋季每两个月可以洗刷一次鱼塘，在绿藻的繁殖季节，也就是5-9月份，需要每月洗一次，这样就可以预防爆藻了。
