根癌农杆菌之所以会感染植物根部是因为植物根部损伤部位会分泌出酚类物质——乙酰丁香酮和羟基乙酰丁香酮，这些酚类物质能诱导Ti质粒上的emphasis：role=italicviremphasis基因以及根癌农杆菌染色体上的一个操纵子表达。emphasis：role=italicviremphasis基因产物将Ti质粒上的T-DNA单链切下，而根癌农杆菌染色体上的操纵子表达产物则与单链T-DNA结合形成复合物，转化植物根部细胞。
整个过程大致可分为以下几个步骤：①根癌农杆菌对植物细胞的识别和附着；
②根癌农杆菌对植物信号物质的感受；
③根癌农杆菌Ti质粒上的emphasis：role=italicviremphasis基因以及染色体上操纵子的活化；
④T-DNA复合体的产生；
⑤T-DNA复合体的转运；
⑥T-DNA整合到植物基因组中
