《魂斗罗》系列到底讲了一个什么故事呢？
明线：魂斗罗战士在地球联盟的指挥之下，成功端掉了入侵地球的外星物种。
暗线：贪婪的人类，在木星神殿发现了神秘种族：Moirai（莫伊莱），留下的“遗物”，并将其据为己有，触发了神殿的防御机制（也就是红隼），导致天王鬼入侵地球事件，目的在于夺回“遗物”。
Moirai（莫伊莱）：比人类高出几个维度的神秘种族，是《魂斗罗》系列中从未出现过的高等文明。他们的科技远远超越了人类，甚至已经掌握了生命密码，是人类眼中的神明。而本次潜入木星神殿的目的，就是为了追寻神明的脚步，却意外发现了“莫伊莱的遗物”。
红隼：在“莫伊莱的遗物”被人类盗走之后，触发了红隼防御机制，守卫天王鬼苏醒。
红隼标志：
于是故事就这么展开了！
《魂斗罗1》公元2631年，一颗陨石坠落在新西兰附近的Galuga（加鲁加群岛）。
而这颗陨石中藏匿着木星神殿的两名守卫和两名随从：天王鬼和黑蛇、陰獣魔神像和岩獣魔神像，而陨石的本体则是红隼的防御机制。占据群岛之后，红隼的神秘力量，将附近周围的军队全都洗脑成为自己的部队。
2633年，海军总部得到消息，一支名为“红隼”的神秘组织，正在发动一场恐怖异型侵略战争。地球联盟防卫军司令部，派遣比尔和兰斯去破坏红隼的基地，并查探虚实。
加鲁加群岛地图：
在最初的版本中，剧情还没有那么深入。美版和日版表达出来的意思完全不同。
日版说的是红隼是人类组织，想统治地球；
美版说的是红隼是外星人，入侵地球抢占资源。
前面几关都是在地面完成的，包括二关和四关两座要塞。在打爆五关BOSS之后，正式转入地下。并在最深处发现了异形的巢穴。
成功击*了天王龙神鬼和天王创魔心之后，《魂斗罗1》的故事结束。
《魂斗罗》初代剧情发生之后的第二年，也就是2634年，在南美洲的GX军事训练基地，哈尔将军发出了一条求救信号：“我们受到了强烈攻击……那些怪物卷土重来了。”
地球联邦收到信号后，马上意识到了问题的严重性。于是再次派遣魂斗罗战士去处理此事。
魂斗罗发现这些人类战士似乎全都被外星生物控制了，甚至在击*的时候会变成一只奇怪的异形生物。
看来之前被消灭的外星异形再次卷土重来！
而这一次他们更加变本加厉，不仅仅是控制人类的思维，而是直接通过细胞入侵了人类的身体。
整个基地成员无一幸免的全部被外星人感染，而联邦联盟这边为了保密，对外宣传是训练事故。
在消灭陆地的基地之后，比尔和兰斯发现了通往异形巢穴的通道。
在六关巢穴中，发现大量正在孵化的异形虫卵，目前它们还无法适应地球的环境，正在拼命进行基因融合，相信在不久之后这些异形就会出现在地面之上。
在巢穴深处发现了本次入侵的罪魁祸首：天王鬼和他的寄生体九头蛇
但奇怪的是，天王鬼被消灭了之后，异形基地的运作仍然是正常的。此时我们才知道，原来幕后黑手并非只有一只。
在七关地底深处，发现了陰獣魔神像的踪迹，似乎正在排卵，这应该就是它最虚弱的时候。几炮就干掉了。
阴兽魔神像，是巨大的孵化器，主要生产寄生虫、超猛兽、异形和阴兽。在第八关，我们遇到了第一只阴兽，也是游戏初期我们遇到的唯一一只雌性的阴兽。
经过前面的失败，在2636年天王鬼重整旗鼓。
由于之前的基因融合成功，此时的异形已经适应了地球环境，开始对人类的城市发起了猛攻。
天王鬼轰炸了一座城市作为警告。这次的“入侵”的规模比以前的要大得多，所有的异形生物破除而出，在城市中肆无忌惮地破坏。
天王鬼兵马倾巢而出，人类武装根本不堪一击。
本次的两位主角仍然是比尔和兰斯（不过版本不同，人物也是不同的）。在主角光环加持之下，魂斗罗战士成功*入巢穴，先后打败了天王鬼龙神、阴兽进化体、天王鬼、天王创魔心。
但奇怪的是，消灭了所有外星人的核心部位，异形基地的运转仍然是正常的。也就是说还有一个关键的核心部位没有找到。
最终，两人在地底最深处的秘密巢穴中发现了“頭脳生命体”的踪迹。
打爆之后，宣告着红隼组织入侵地球的计划完全失败。
而对于人类幕后神秘组织来说，终于可以将“遗物”据为己有了。
《魂斗罗4》黑蛇，当年和天王鬼、陰獣魔神像、岩獣魔神像一起降临地球。但运气不好，在掉落之后身体几乎被完全破坏了。虽然有自我修复的能力，但也需要耗费大量的时间。
黑蛇同样控制了附近的一个基地，并秘密将自己的身躯放在实验室的玻璃容器之中，静静等待复苏。
黑蛇胚胎：
多年来，天王鬼和黑蛇一直都有感应。但是某一天，天王鬼却突然失去了联系。而此时的黑蛇的身体已经完美蜕变。于是，《魂斗罗4》的故事展开了。
黑蛇成虫形态：
黑蛇：天王鬼的妹妹
最初登场于GB平台的《Operation C》，之后再次出现时是在《魂斗罗4》。
不过版本不同，剧情也是不同的，针对“黑蛇”的介绍有两种说法：
1.某个国家为了研究生化武器，提取了战场中天王鬼残留的的细胞，进行“黑蛇”计划。而这个组织也被命名为“黑蛇”，他们主要研究天王鬼的细胞，通过克隆的极致打造最完美的生命物种。而黑蛇就是出自天王鬼的细胞克隆。
密封罐中的“黑蛇”
2.黑蛇就是木星神殿的随从，和天王鬼一起降临地球。天王鬼之后，展开了一系列的报复计划。整个国家的人类全都变成了黑蛇的营养品
在玩家打败黑蛇之后，就会进入她的体内进行战斗。
看到的并不是真实的，自认为的正义仅仅是他人的阴谋
——这就是真相。
公元2642年，一个正在建设的超级电磁武器网络发生故障并且爆炸，造成了全球性的毁灭性事故，80%的地球人口丧生。而种种迹象表明，比尔就是本起事件的罪魁祸首，甚至他连自己的战斗兰斯都给*害了。
比尔被判冷冻刑10000万。
然而五年后，曾经已经消失的“红隼”组织再次卷土重来，而能够对付他们的只有比尔。于是在受刑五年之后，比尔得到释放，并且再一次为地球联邦而战。
兰斯已经死了，于是联盟给他安排了新的搭档露西娅。
在闯入“红隼”基地之后，比尔惊讶地发现最终BOSS竟然是自己的老伙计：兰斯。失去主角光环的兰斯最终还是被打败了，在死之前，他将一切真相告诉了比尔。
原来五年前的毁灭性事故，根本就是地球联邦总部的阴谋。最初是为了测试“莫伊莱的遗物”的威力，但没想到威力如此之大，直接*死了80%的人类，最后让比尔背锅。
当时就被兰斯发现了，联邦为了保密直接将其灭口。为了保留生机，兰斯选择和天王鬼的基因融合，成功活了下来，而他也失去了人类的身份。
兰斯为了报仇同时也为了让真相大白，于是组建了“血隼”来对抗地球联邦的最高首领：“三个远古人”
真相：原来当年人类在木星轨道上发现了神殿，这是神秘种族“莫伊莱”曾经创造的文明。
多年前“莫伊莱”选择了更加适合生存的星球。离开之前，他们在神殿中留下了代表“莫伊莱文明”的遗物。
“莫伊莱”：
在“三个远古人”的授意之下，地球联盟在木星轨道拿回了“莫伊莱”其中一个遗物，从而触发了红隼防御机制。在人类离开木星轨道不久之后，外星人则降落到加鲁加群岛，企图追回被盗走的遗物。
这就是《魂斗罗1》《魂斗罗2》《魂斗罗3》《魂斗罗4》中的剧情，它们不是入侵，仅仅是为了寻回失落的文明。
“莫伊莱遗物”最终落到了三位执政者，也就是“远古人”手上。他们独占地球资源很多年，通过高科技存活了上千年，拥有远超一般人的智慧。
三位远古人：
分别是：
Nero
Gaius
Commodus
三位远古人虽然已经是地球最顶尖的智力，但经过多年的分析，只发现了一下皮毛，无法掌握“遗物”的核心技术。一旦掌握即为“神明”。
在比尔攻入联邦总部之前，三位远古人意外地破解了遗物的核心，并成功对其进行数据分析，并在很短的时间内得到了神秘力量。
然而让人意想不到的是，这个遗物竟然是某个维度的生命体，它所蕴含的力量并不是人类可以承受的，即使是远古智者也无法驾驭。
遗物觉醒之后，强行和远古人合并，将他们的智力全部吞噬，成为了游戏的最终BOSS。
遗物，进化而成的“莫伊莱”本体：
在打败“莫伊莱遗物”之后，世界再次恢复了和平。
未来的《魂斗罗》还会发生各种战争，但是外星人将不再参战。毕竟属于它们的时代已经过去了。
（根据官方提供出来的线索，以及国外网友的猜测：莫伊莱遗物被种族存放千年后，早已拥有了自我意识。当年木星轨道诱惑地球联盟去探寻的信号，是故意散播出来的。就是为了让人类将自己带走进化成为新的生命体。）
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