有指挥使一人，正三品，同知二人，从三品，佥事二人，四品，镇抚二人，五品，十四所千户十四人，正五品，此其下管理职尚有副千户（从五品）、百户（正六品）、试百户（从六品）、总旗（正七品）、小旗（从七品）等。
下属有将军、力士、校尉，对外有参口口事（缺两字，私参知某事，见朝鲜王朝实录）、校令，另有精通多国语言的翻译（如宪宗朝张渺正），内有法庭和监狱，其中，经历司掌文移出入，镇抚司掌本卫刑名，兼理军匠，即“诏狱”。锦衣卫平日为皇帝爪牙，镇压臣下时则罗织大狱，捕人，审讯和处刑。通常锦衣卫在逮捕嫌犯之前，会发给其“驾帖”，作用相当于现代的逮捕证。
锦衣卫中的“卫”是指“皇帝亲军”。
在锦衣卫组织当中，皇帝为直接的管理者。而在组织之内，最高的领导为指挥使，是为三品官阶，佐官有同知、佥事、镇抚以及千户等，部属有将军、力士与校尉，并设经历司和镇抚司，在朱棣成为皇帝时，又新设北镇抚司，其任务是“专理诏狱”。最高级至最低级说明锦衣卫的官阶是为：指挥使、千百户、总旗、小旗等十七个官职，其余的职位，史书上并没详细描述。当中，经历司主管文书的出入，而镇抚司为其核心部份，职理狱讼，后分为南北司，北司理刑狱。当中，锦衣卫是无必要向皇帝直接表明案情，可以自以主张，并设有独立的法庭以及监狱，那就是说，锦衣卫和朝廷中的刑部都有公堂，有权拘留和进行对疑犯的审判，称之为“诏狱”或是“锦衣狱”，即为皇家监狱。而在锦衣卫所处理的案件中，“三法司”，即刑部、都察院与大理寺是无权干涉的。另外，若果有锦衣卫逝世，该位锦衣卫的亲属，如亲儿或是亲兄弟可成为其替补，无儿或兄弟则会于市上选择合条件的人作为代替，令锦衣卫中不会出现职位有空缺的情况。
