因为水不是纯净的水，且水的深度都比较大，当水层厚度超过2米时，由于光的折射和反射作用水的颜色会发生变化，同时水中还有些水藻、微生物，所以呈现出碧绿色。
光的反射组成太阳光的电磁波波长不同，不同物体反射不同波长的电磁波。这跟海水是蓝的道理一样
水呈绿色，是因为太阳光照射到水面时，一部分光被反射回来，另一部分光折射进入水中，进入水中的光线，在传播过程中会被水吸收。
水对波长较长的光吸收显著，对波长较短的吸收不明显。因此红光、橙光和黄光波长较长，它们在到达一定的深度时，均被率先吸收了。
而绿光波长相对较短，当其他光线被吸收后，绿光到达河床底部，被反射回来，所以河水看上去就是绿色的。
另外，由于河中藻类的存在，河水反射出藻类的绿色，也会导致河水呈绿色。
