就在这时，男人和女友迅速调换了座位，一边冷静地给女友指挥路线，一边警觉地观察*手的动向。但是，当男人决定穿到小路上准备反击时，出乎意料的是，*手识破了他的意图，并未跟上来，而是拿出包里的98K狙击步枪，瞄准男人行驶中的汽车。
随着一声沉闷的枪响，男人安然无恙，而女友却惨遭爆头。这残酷的一幕让男人瞬间崩溃。原来男人是超级特工伯恩，本想和女友在海边隐姓埋名，没羞没臊的生活一辈子。然而命运的捉弄，让他再次陷入水深火热之中。
面对女友的惨死，伯恩悲痛欲绝，他决心查明真相，一场惊心动魄的复仇之旅就此展开。伯恩将以自己的方式，为逝去的爱人讨回公道。接着他故意使用自己的护照过境，被当地的中情局人员控制。然而被审讯时，他一言不发。
很快上级领导给探员打来电话，警告他面前的男子极其危险，必须严密监视。这时伯恩抓住时机，光速解决了两个工作人员，并在探员的手机上，装上了事先准备的窃听程序。接下来只需耐心等待。
没过多久，探员清醒过来，接到中情局高层打来的电话。当兰迪听到伯恩已经逃跑，差点气到飙脏话。与此同时，伯恩通过窃听他们的通话，得到了他要的线索。原来因为他在柏林*了两个特工，所以中情局的兰迪在追捕他。一脸懵逼的伯恩意识到，自己被人陷害了。
另一边*手在俄国石油大亨那里，拿到了丰厚报酬。原来在追*伯恩之前，是他除掉了两名中情局的特工，成功地帮助雇主，截获了他的犯罪资料，并且还故意留下了伯恩的指纹。不仅栽赃嫁祸，还要除掉伯恩，死无对证。于是便有了开头那一幕。
这一切都源自于7年前，中情局一笔2千万的资金不翼而飞。在随后的调查中，一名俄国政客透露，这笔钱是被内部的人吞了。但紧接着，俄国政客和妻子就在酒店离奇死亡。这个案子一直毫无头绪，如今冒出一个自称是当年的知情人。
但就在中情局派出两名特工，与该知情人交易证据时，全部被人暗*，现场发现了伯恩的指纹。然而兰迪却顺藤摸瓜，发现了绊脚石计划。他找到了绊脚石幕后指挥官海爷，询问情况。海爷却表示，绊脚石计划早在两年前就已经被叫停，而且伯恩也不知所踪。
就在中情局全力搜捕伯恩的时候，为了查明真相，伯恩驱车前往慕尼黑一处私人住宅。没过多久，一个男人回到家，这个人和伯恩一样，都是在绊脚石计划内的特工。伯恩向他直接摊牌，自己已经金盆洗手，为什么绊脚石的人还要追*他？男人说绊脚石计划早已经终止，至于其他的，他也不清楚。
这时旁边的电话突然响起，男人趁伯恩分神的瞬间奋起反击，但由于技不如人，还是被伯恩用电线*死。随后伯恩冷静地断开了煤气管道，并将一本书塞进了面包机中。当支援人员赶到门口时，只听见一声巨响，将一切化为乌有。没能得到答案，伯恩决定直接去找兰迪。
他来到兰迪办公室对面的楼顶，架起狙击枪，看着瞄准镜中的兰迪，伯恩给她打去电话。兰迪惊讶的同时，立即让特工定位伯恩的位置。这时，伯恩看到在兰迪身旁有个熟悉的女人，她是绊脚石计划的后勤人员小美。于是伯恩向兰迪提出，半小时后和小美一个人在世界钟会面。
伯恩说完便消失在天台，而现场的兰迪望向对面，一阵毛骨悚然。现在时间紧迫，兰迪紧急制定计划，在约定地点周围布下天罗地网。但这时候涌来了一大波游街示威的人，打乱了中情局的部署。而混在列车里的伯恩，则趁乱顺利地带走了小美。
小美如实说，上周兰迪手下两个特工交易情报时被暗*，而现场发现了伯恩的指纹，所以兰迪通过指纹，查到了绊脚石计划的信息，并且追捕他。听到这，愤怒的伯恩用力将女孩按在柱子上，他表示自己一直在偏远的印度小镇，自己的女友还在那被人*害。伯恩知道小美身上有窃听器，所以这些话是故意说给兰迪听的。
随后他将小美带到屏蔽信号的房间，逼问出绊脚石计划的负责人其实是海爷，而且兰迪手下特工交易的证据和几年前一对俄国政客夫妇的死有关。得到这些信息后，伯恩离开了房间。
接着通过网上搜索到俄国政客的信息，伯恩找到了当年的酒店。当进入他们被*的645号房，看着熟悉的场景，伯恩记忆中的一幕幕瞬间清晰。原来这是绊脚石计划的第一个任务，就是他*的俄国夫妇，并且伪造成女人*夫又自*的场景。
就在这时，伯恩听到外面动静不对，透过猫眼一看，才发现自己已经被包围了。伯恩从容不迫地观察着周围的地形，将站牌上的列车时刻表牢记于心。随后看了一眼手表确认时间。紧接着他迅速冲向天桥上的地铁站，跳进了一辆刚刚到站的列车。可是列车还需要几分钟才能启动，警察也已经追了过来，但伯恩却临危不惧，冷静地观察着周围的环境。
不远处一列即将到站的火车和一艘即将通过桥下的货船进入了他的视线。只见伯恩快速跳下站台，有惊无险地越过铁轨，一路狂奔到桥边。在所有警察的注视下，他纵身跳到了下面的货船上，成功地吸引了警方的注意。警察们见状，全都跑到桥下来拦截他。伯恩则趁机拿起钩货物的叉子来到船顶，看准时机，用叉子钩住了天桥下面的铁架，拼尽全力爬回了桥上。
终于在列车关门的最后一秒，伯恩成功进入了车厢，摆脱了追捕。与此同时，海爷正在跟俄国石油大亨通电话，原来这一切的幕后黑手是海爷，当年就是他们一起做局，吞掉了中情局2千万美元。而两人现在都是身份显赫，所以决不能让当年的真相浮出水面。
海爷叮嘱石油大亨，伯恩是那个任务的关键执行人，一定要尽快除掉他。等到挂断电话，伯恩向幽灵般出现，把他的头死死摁在桌上，但没有急于*他。因为刚才，伯恩已经将海爷和石油大亨的通话全部录音，他只是留下手枪便独自离开。不一会兰迪过来找海爷询问案情，还没说两句，老头就开枪自*了。很快兰迪就收到了伯恩寄来的录音，终于真相大白了。
与此同时，伯恩坐车来到莫斯科，因为当年是自己*了俄国政客夫妇，所以他想要过来给他们的孩子说出真相。此时的伯恩依旧是全球通缉犯，而且石油大亨也知道他到了俄罗斯。
就在伯恩寻找政客女儿的地址时，*手和警察都开始行动了，意识到自己已经暴露的伯恩赶紧撤离，可在桥下还是被路过的*手发现。*手下车后开枪击中了伯恩的肩膀，而枪声也引来了附近的警察。随后*手高举双手声称自己是特工，正在这里执行秘密任务。警方无法确定他的话是否属实，于是果断采取行动将其制服，并从他身上搜出证件进行检查。
在确认*手真的是特工后，警方随即释放了他。此时的伯恩肩膀受伤需要治疗，他闯到一家超市，拿了一张地图和烈性白酒。出门时引起的*乱，让正在附近搜寻他的*手注意到了。伯恩赶紧抢了一辆出租车扬长而去，而*手也在后面紧追不舍。受伤的伯恩一边查看路线躲避追捕，一边简单处理伤口。
经过一番追逐，两人冲进隧道激烈碰撞，*手一梭子子弹扫过来，伯恩也是一点不含糊，找到机会直接打爆了*手的前胎。汽车瞬间失控，伯恩顺势驾车撞了上去。看着重伤在地的*手，伯恩并没有射*对方，转身潇洒离去。
不多时，血流不止的他找到了政客的女儿，而女孩一直以为当年是他的母亲*了父亲，然后再畏罪自*的，因此心里一直有怨恨。伯恩告诉他，自己的身份是特工，而女孩的父母都是死在他的枪下，他想赎罪，但能做的并不多。所以伯恩不远万里的来到莫斯科找她，就是觉得她有权知道真相。
事后伯恩拔通了兰迪的电话，质问她为什么还要找自己。兰迪说一切都已经结束了，现在她只是想说句抱歉。同时，兰迪拿出绊脚石计划的机密文件，告诉伯恩他的真实名字一大卫韦伯。谢谢观看。
