银河铁道999结局是:随着安卓美达的崩溃，梅德尔将铁郎送上了银河铁道999号，梅德尔没死，铁郎也没有成为螺丝。
梅德尔给了铁郎最后的一个吻，伴着依稀在耳的话语：我只是存在于你少年时代的回忆中的青春欢迎。
或许我们还会再见吧，在那遥远的时空之轮相接的地方。
梅德尔最终没有踏上列车，留在了崩溃中的安卓美达，一同进入沉睡。
主角星野铁郎的母亲，被机械伯爵*害中丧生，的铁郎在神秘美女美达露的帮助下乘坐“银河铁道999”，前卦可以免费制作机械身体的星球──安得罗美达。
星野铁郎到最后明白了永远的生命会令人性堕落，他破坏了铁路的最终基地──安得罗美达，也就是人们所渴望的免费改造中心。
