虽然GasPoweredGames官方并未开放最高指挥官2的模组支持功能，但通过国外玩家努力，最高指挥官2不仅由国外玩家开发出了MOD管理器以及几个MOD，其中不乏风格独特的MOD。
RevampExpansionMod：非常独特的MOD,此MOD开发项目包括单位移植，创新风格单位，自定义单位，自定义研究树等众多项目，居最高指挥官2大型MOD之首，也是最有前途MOD之一。后期只支持DLC版本。
DLC:EternalConflict：只支持DLC版本，只移植少量一代单位入其中，重点注重平衡性。
SupremeDestruction：以单位移植为主，主要集中在移植一代实验级单位ScaleMod+FAEconomy：除万古海军回归外，还重新制作了二代地图的纹理以及其它项目。
1、使用非官方MOD管理器安装。
2、使用替换文件法安装，根据MOD作者给出的文件数提示备份替换文件安装即可。安装好后进入游戏后便己经启用该模组。
