在《口袋妖怪究极绿宝石5》的剧情流程中，玩家将与新地区的教授合作，选择自己的初始宝可梦，开始冒险之旅。
玩家要收集八枚徽章，在各城镇与强大的道馆领袖对战，最终挑战宝可梦联盟冠军。
在这个过程中，玩家会解救被邪恶组织绑架的宝可梦，并揭露他们隐藏的阴谋。
同时，还要与其他训练师战斗，锻炼自己的宝可梦队伍，不断提升实力，成为真正的宝可梦大师。
呃，剧情流程的话就是你过过剧情边走剧情边打道馆打到八个道馆之后你就可以呃打那个怪兽联盟了，你把那联盟打败之后就可以过这个第一周目的剧情，然后二周目的话也是别人挑战道馆，然后边过剧情。
