结局是肖医生没有逃出来。
根据肖医生的死亡时间推测，我推断他没有逃出医院。除非他举报后死于院长报复。他应该是找到了逃离医院的办法，但是万能的院长提前发现了他的计划，所以他应该死于院长的电击治疗。游戏末尾断电时躺在病床上的身穿白大褂的木偶应该就是肖医生。
结局的意思如下：
失去理性的医生们将整个医院变成了屠宰场；到处鲜血淋漓，满目断肢残臂，惨绝人寰的哀嚎不绝于耳，凡人的皮肉下爆发出了恐怖兽性，院长也终被发现吊死在自己的办公室。
《十三号病院》讲述了院长的女儿与实习医生私通，未婚先孕，女儿在生产的手术台上诞下怪物后离奇死亡，以院长为首的医生们为了保守秘密维护医院的形象，将怪物锁在地下室，并用残忍的手段*害了该实习医生以及知情人员。
然而恐怖的谣言还在继续，最终看似解脱的结局却依然逃不出这混沌的结界，医院里枉死的恶灵四处游荡，找不到也逃不出这黑暗的死亡地狱，只能夜夜重复着恐怖的惨剧的故事
