名侦探工藤新一，在追踪黑衣人组织的时候，被喂下了药剂变成了一个小孩子，改名为江户川柯南，寄住在毛利小五郎家中。《名侦探柯南》的主线一直都是寻找这个神秘的组织，并将其绳之于法。
故事一直在主线和独立案件中相互穿插，就是每一阶段都会有一个案件故事，需要柯南去破案，通过柯南去破解这些案件寻找到真凶，这是众多独立故事堆叠而成的动漫，然后串联主线案件去寻找神秘组织
高中生侦探工藤新一与毛利兰在游乐园游玩时发现两个行动诡异的黑衣男子，便跟踪他们，不料被灌下一种叫“APTX4869”的神秘毒药，然而因为药物副作用，新一的身体竟回到孩童状态。
为不使周围的人受到牵连，他化名为“江户川柯南”，寄住在毛利兰家中，用阿笠博士发明的手表型麻醉枪让毛利小五郎睡着，接着用蝴蝶结变声器模仿他的声音来进行推理，解决了许多案件，并一直寻找着黑衣组织的人的下落，希望有朝一日将其绳之以法，并变回原来的样子。
